Биодеградация углеводородов нефти плазмидосодержащими микроорганизмами деструкторами

на правах рукописи

ВЕТРОВА АННА АНДРИЯНОВНА БИОДЕГРАДАЦИЯ УГЛЕВОДОРОДОВ НЕФТИ ПЛАЗМИДОСОДЕРЖАЩИМИ МИКРООРГАНИЗМАМИ ДЕСТРУКТОРАМИ 03.01.06 - Биотехнология (в том числе бионанотехнологии)

АВТОРЕФЕРАТ

диссертации на соискание ученой степени кандидата биологических наук

Москва - 2010

Работа выполнена в Пущинском государственном университете на базе лаборатории биологии плазмид Учреждения Российской академии наук Института биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г.К. Скрябина РАН, г. Пущино

Научный консультант: кандидат биологических наук Филонов Андрей Евгеньевич

Официальные оппоненты: член-корр. РАН, профессор, доктор биологических наук, Ившина Ирина Борисовна кандидат биологических наук, Ермакова Инна Тихоновна

Ведущая организация: Институт микробиологии имени С.Н.

Виноградского РАН, Москва

Защита диссертации состоится « » 2010 г. в часов мин. на заседании Диссертационного совета Д 501.001.21 при Московском государственном университете им. М.В. Ломоносова по адресу: 119991, г.

Москва, Ленинские горы, дом 1, МГУ, корп.12, биологический факультет, ауд.

М-1.

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке биологического факультета Московского государственного университета им. М.В. Ломоносова.

Автореферат разослан « » 2010 г.

Ученый секретарь Диссертационного совета, кандидат биологических наук Н.Ф. Пискункова Актуальность темы Миллионы тонн жидких и твердых отходов ежегодно образуются в результате деятельности нефтяной и нефтеперерабатывающей промышленности. Места хранения таких отходов представляют серьезную опасность для окружающей среды, а многочисленные аварии при добыче, переработке и транспортировке нефти и нефтепродуктов являются причиной масштабных загрязнений природных объектов. При этом самоочищение загрязненных территорий без вмешательства человека длится десятки лет (Оборин и др., 1988).

Способность микроорганизмов к трансформации или деградации углеводородов нефти хорошо известна и позволяет использовать их для биоремедиации загрязнённых территорий. Имеются два подхода, основанные на использовании эндогенных или интродуцируемых микроорганизмов в местах загрязнения.

В большинстве случаев в основе биотехнологий очистки окружающей среды от нефти и нефтепродуктов используются биопрепараты, которые содержат жизнеспособные клетки как отдельных штаммов углеводородокисляющих микроорганизмов («Путидойл», «Олеворин»), так и бактериальный консорциум («Деворойл»). Патентный поиск существующих в настоящее время биопрепаратов показал, что основными их недостатками являются: большое количество микроорганизмов в их составе;

часто бактерии, входящие в биопрепарат, являются представителями одного рода;

узкий диапазон рН и температур;

неспособность микроорганизмов продуцировать биоэмульгаторы;

малая эффективность деградации высоких концентраций нефти и нефтепродуктов;

отсутствие катаболических плазмид в клетках микроорганизмов-нефтедеструкторов.

Плазмиды играют важную роль в адаптации микроорганизмов к изменяющимся условиям окружающей среды. Эти генетические детерминанты позволяют содержащим их микроорганизмам катаболизировать устойчивые в окружающей среде соединения, например, ароматические углеводороды, которые неспособны разлагать большинство известных микроорганизмов.

Известно, что интродукция микроорганизмов – потенциальных доноров плазмид биодеградации ароматических углеводородов, может интенсифицировать процессы очистки и, кроме того, повышать биодеградативный потенциал микробных популяций в местах, загрязненных полициклическими ароматическими соединениями, путем передачи плазмид и генов биодеградации в эндогенные микроорганизмы (Ахметов, 2006).

Цель и задачи исследования Целью данной работы являлось исследование биодеградации углеводородов нефти плазмидосодержащими микроорганизмами деструкторами и разработка микробного консорциума как основы биопрепарата для очистки окружающей среды от загрязнений нефтью и нефтепродуктами. Для выполнения поставленной цели необходимо было решить следующие задачи:

1) сравнить изменение численности микроорганизмов, содержащих плазмиды биодеградации ароматических углеводородов, и их бесплазмидных вариантов в процессе деструкции нефти, а также оценить степень деградации нефти исследуемыми бактериями в лабораторных условиях;

2) провести отбор наиболее эффективных плазмидосодержащих штаммов деструкторов углеводородов нефти, обладающих способностью к деградации высоких концентраций нефти и нефтепродуктов (до 30%) в присутствии соли (до 5% NaCl) в широком температурном диапазоне (4-42С) при рН от 4 до 10;

а также, образующих биоэмульгаторы;

3) составить микробный консорциум из отобранных штаммов, обладающих вышеперечисленными свойствами, для эффективной очистки окружающей среды от нефти и нефтепродуктов;

4) сравнить эффективность деструкции нефти составленной микробной ассоциацией с ранее разработанными коммерческими биопрепаратами в лабораторных и полевых условиях.

Научная новизна Впервые продемонстрировано, что присутствие катаболических плазмид в штаммах-деструкторах увеличивает степень деградации нефти, и способствует приросту биомассы плазмидосодержащих штаммов по сравнению с системами инокулированными бесплазмидными бактериями. Полученные результаты показывают, что важным аспектом катаболического потенциала микроорганизмов в процессе деструкции нефти является комбинация «бактериальный хозяин – плазмида».

Интродукция микроорганизмов, содержащих плазмиды биодеградации, интенсифицирует процессы очистки, повышает численность и биодеградативный потенциал микробных популяций нефтезагрязненных сайтов.

Создана микробная ассоциация «ВиО» как основа биопрепарата для биоремедиации почвенных и водных экосистем, загрязненных нефтью и нефтепродуктами, состоящая из штаммов-деструкторов родов Rhodococcus, Pseudomonas и Acinetobacter, содержащих катаболические плазмиды. Бактерии этого микробного консорциума способны к деградации углеводородов нефти при концентрации до 30% в температурном диапазоне 4 – 42С в присутствии 5% соли при рН от 4 до 10.

Научно-практическая значимость работы На основании скрининга коллекции микроорганизмов лаборатории биологии плазмид ИБФМ РАН и коллекции бактерий ЗАО «Биоойл» были отобраны и охарактеризованы бактерии, которые вошли в состав микробной ассоциации «ВиО», способной эффективно деградировать углеводороды нефти.

В качестве критериев отбора штаммов–деструкторов были выбраны свойства:

способность к деградации нефти и нефтепродуктов (концентрация до 30%) в присутствии соли (до 5% NaCl) в широком температурном диапазоне (4-42С) при рН от 4 до 10;

присутствие в штаммах катаболических плазмид;

синтез биоэмульгаторов. Комбинация вышеперечисленных свойств, наиболее важных для эффективной деградации углеводородов нефти, не присутствует ни в одном из известных биопрепаратов.

В условиях лабораторных экспериментов показана более высокая эффективность созданного микробного консорциума для очистки почвенных и водных экосистем от нефти и нефтепродуктов в сравнении с биопрепаратами «МикроБак» и «Биоойл».

Преимущество ассоциации «ВиО» также заключалось в увеличении скорости утилизации нефтяных загрязнений. Эффективность опытного образца биопрепарата микробной ассоциации «ВиО» в полевых испытаниях по очистке грунта от нефти на территории Пограничного месторождения Ямало-Ненецкого автономного округа составила 80% в течение периода с июня по август 2008 г., что превысило показатели, полученные при использовании биопрепаратов ЗАО «Биоойл».

Получены положительные заключения ЗАО «Биоойл» и ООО «Газпромнефть-Ноябрьскнефтегаз» об эффективности деградации нефти ассоциацией «ВиО» в полевых испытаниях. Кроме того, эффективность деградации нефти и нефтепродуктов микробным консорциумом «ВиО» продемонстрирована в лабораторных испытаниях ООО «Газпромнефть– Восток» и ООО «Сибнефть Восток».

Подготовлена заявка на патент РФ «Способ очистки водоемов и почв от нефти и нефтепродуктов ассоциацией плазмидосодержащих штаммов». Подана патентная заявка № 2010121688 «Способ получения сухой формы биопрепарата для очистки территорий от загрязнений нефтью и нефтепродуктами».

Апробация работы Материалы Материалы диссертации докладывались на 18 конференциях:

Биология-наука 21 века, 10-я Пущинская школа-конференция молодых учёных, 17-21 апреля 2006, Пущино;

Школа-конференция «Современная биотехнология – защите окружающей среды», 12 сентября, 2006, Пущино;

Forth International Conference on Science and Business, 15-18 October, 2007, Pushchino;

Школа-семинар «Современные наукоемкие технологии: от идеи к внедрению» 29 октября - 4 ноября, 2007, Белгород;

Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов», 7 - 11 апреля 2008, Москва;

ISTC Workshop at the International Conference on Contamination Soil, ConSoil, Milan, Italy, 3 – 6 June, 2008;

XII Internetional Congress of Bacteriology and Applied Microbiology, 5-9 August 2008, Istanbul;

III International Conference on Microbial Diversity, 28 September – 05 October 2008, Perm;

Fifth international conference «Science and Training for Biosafety», 6 – 9 October, 2008, Pushchino;

Международная школа–конференция, посвященная 40-летию создания ГосНИИгенетика, 21-24 октября, 2008, Москва – Пущино;

Биология-наука века, 12-я Пущинская школа-конференция молодых учёных, 10-14 ноября, 2008, Пущино;

Российский молодежный инновационный конвент. 9-10 декабря 2008, Москва;

Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов» 13 - 18 апреля, 2009, Москва;

Системная 3rd Congress of European биология ПНЦ РАН апрель 2009, Пущино;

Microbiologists «Microbes and Man – Interdependence and Future Challenges», June 28 – July 2, 2009, Gothenburg, Sweden;

Современные биоаналитические системы, методы и технологии. 26-30 октября 2009, Пущино-Тула;

ISTC Workshop at the International Conference on Contamination Soil, ConSoil Austria, 21 – 25 September, 2010.

Публикации По материалам диссертации опубликовано 24 работы, в том числе статей, заявка на получение патента РФ на изобретение и 18 тезисов.

Структура и объем диссертации Диссертация состоит из разделов «Введение», «Обзор литературы», «Материалы и методы», «Результаты», «Обсуждение», «Выводы», «Список литературы» и «Приложение». Работа изложена на 168 страницах машинописного текста, включает 25 таблиц и 42 рисунка. Библиография насчитывает 255 наименований, из них 109 отечественных и 146 зарубежных работ.

МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ Бактериальные штаммы. В работе использовали 60 штаммов микроорганизмов из коллекции лаборатории биологии плазмид ИБФМ РАН им.

Г.К. Скрябина г. Пущино и 10 бактериальных штаммов из коллекции коммерческой фирмы ЗАО «Биоойл», выделенных из территорий загрязненных нефтью и нефтепродуктами.

Среды. В качестве полноценной среды использовали среды Лурия Бертани (ЛБ, Carhart, Hegeman, 1975) и Кинга Б (КБ, King et al., 1954), в качестве минеральной – среду Эванса (Evans, 1970).

Культивирование штаммов проводили в колбах Эрленмейера со 100 мл минеральной среды Эванса с добавлением нефти или дизельного топлива до конечной концентрации 2%, 10%, 15%, 20%, 30% или 40% весовых (по объёму). Инокулирование колб проводили суспензией микроорганизмов (посевная доза 1-5107 кл/мл). После засева колбы помещали на круговую качалку (120 об/мин) и выращивали микроорганизмы в течение 7 - 30 суток при 24°С и в течение 10 - 30 суток при 4°С.

Эмульгирующую активность определяли визуально согласно методике (Francy et al., 1991) по четырёхбалльной шкале и по изменению оптической плотности супернатанта культуры, выращенной на среде с гексадеканом, согласно методике (Cirigliano et al., 1984).

Индекс эмульгирования определяли по методике, описанной в работе (Cooper and Goldenberg, 1987).

Определение эффективности очистки нефтезагрязненных систем.

1) Деградацию нефти исследуемыми штаммами оценивали по суммарному показателю убыли нефти в жидкой среде, определяемому весовым методом (гравиметрия) (Другов и Родин, 2007).

2) Для определения общего содержания углеводородов нефти использовали метод ИК-спектроскопии. Подготовку, анализ и измерение водных и почвенных образцов проводили в соответствии с методическими указаниями «Массовая концентрация нефтепродуктов в водах. Методика выполнения измерений ИК-фотометричесим методом» (ГОСТ Р 8.563-96) и «Определение концентрации нефти в почве методом инфракрасной спектрофотометрии» (МУК 4.1.1956-05).

Плазмидную ДНК выделяли методом щелочного лизиса (Birnboim, Doly, 1978).

Коньюгационный перенос плазмид осуществляли, используя метод Данна и Гонзалеса (Dunn, Gunsalus, 1973).

осуществляли путем длительного Элиминацию плазмид культивирования в богатой среде ЛБ. Отбирали колонии по отсутствию роста на среде Эванса с добавлением в качестве источников углерода и энергии нафталина или гексадекана.

Электрофорез проводили в горизонтальном агарозном геле по стандартной методике (Sambrook et al., 1989).

Определение влагоемкости почвы проводили согласно методике, описанной Вадюниной и Корчагиной, 1986.

Определение рН почвы в соответствии с методикой ГОСТ 26423-85.

Для приготовления модельных почвенных систем использовали лугово-аллювиальную почву, взятую у р. Ока вблизи г. Пущино Московской области. Перед использованием почву просеивали через сито с диаметром отверстий 2,0 мм. Для приготовления стерильных модельных систем почву трижды стерилизовали (1 атм. 30 мин при 121С) с интервалом в 1 сутки. Затем навеску почвы массой 0,5 кг тщательно перемешивали с нефтью (10 г).

Приготовленную таким образом почву с нефтью помещали в пластиковые контейнеры (толщина слоя почвы 10 см). Модельные почвенные системы инкубировали при температуре 18-25С.

Внесение инокулята в почву. Бактерии выращивали в жидкой среде ЛБ до конца экспоненциальной фазы роста (1109 кл/мл среды). Затем, используя стандарт мутности, суспензию бактерий разводили фосфатным буфером до концентрации 1-5108 кл/мл. Количество вносимой бактериальной суспензии рассчитывали так, чтобы конечная концентрация составляла микроорганизмов на 1 г сухой почвы. Повторные инокуляции проводили через две недели.

В качестве биогенных источников азота, фосфора и калия использовали минеральное удобрение «Нитроаммофоска» (ООО «Фаско+», Россия), которое вносили в количестве 1,5 г на 1 кг почвы.

Отбор проб в модельных почвенных системах. Для определения общей численности микроорганизмов и содержания нефти отбирали усредненные пробы (1 г и 5 г, соответственно) из 3-4 разных участков почвы. Пробы весом г суспендировали в 9 мл фосфатного буфера и перемешивали на миксере “Paramix 2” (Германия) в течении 1 минуты при комнатной температуре и после соответствующих стандартных разведений высевали на соответствующие агаризованные среды.

Мониторинг штаммов в почве осуществляли по культурально морфологическим признакам, маркерам антибиотикорезистентности и флюоресценции под ультрафиолетом на агаризованной среде КБ.

Условия полевого эксперимента. Полевые испытания проводились на территории Ямало-Ненецкого автономного округа, на участках Пограничного нефтяного месторождения в период с июня по август 2008 г. В качестве дополнительных питательных веществ вносили минеральные удобрения – мочевину (150 кг/га). Для определения степени восстановления физико химических характеристик почвы, ранее загрязненной сырой нефтью, в результате естественных разливов, использовали смесь ячменя и многолетних трав в качестве биоиндикатора. Уровень начального загрязнения грунта нефтью составлял 15 - 110 г нефти на 1 кг почвы. Площадь загрязненного участка составляла 0,826 га.

Отбор проб в полевом эксперименте. Среднюю смешанную пробу составляли из 2 - 3 десятков первоначальных проб (50-100г). Отбирали по средние смешанные пробы с участка площадью 0,33 га. Отбор проводили с учетом вертикальной структуры, неоднородности покрова почвы, рельефа и климата местности, а также учитывали особенности свойств загрязнителя.

Пробы отбирали с условием, чтобы в каждом случае проба являлась типичной для данной точки отбора. Пробы, отобранные для проведения химического анализа, упаковывали в емкости из химически нейтрального материала.

Статистическую обработку результатов осуществляли c помощью встроенного статистического пакета Excel (MS Office 2007).

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ 1. Биодеградация углеводородов нефти плазмидосодержащими микроорганизмами по сравнению с бесплазмидными вариантами.

Описано много примеров участия плазмидных генов в деградации углеводородов, в том числе короткоцепочечных алканов, замещенных и незамещенных ароматических углеводородов и других ксенобиотиков (Sayler, 1990;

Wallace et.al., 1992;

Harayama et.al., 1990). Ароматические соединения обычно составляют 10 – 30% углеводородов нефти, однако они являются наиболее токсичными и трудноразлагаемыми компонентами данного загрязнителя. На первом этапе работы проводили оценку эффективности деградации нефти штаммами-деструкторами рода Pseudomonas, содержащими плазмиды биодеградации ароматических соединений, по сравнению с бесплазмидными вариантами тех же бактерий.

Деградацию нефти исследованными штаммами оценивали по суммарному показателю её убыли в жидкой среде, определяемому весовым методом (гравиметрия). При оценке эффективности процесса деградации через 7 суток было выявлено, что наличие плазмиды деградации нафталина pBS216 в штамме P.

chlororaphis PCL1391 приводило к существенному увеличению (в 10 раз) Рис. 1. Степень деструкции нефти степени деструкции нефти по плазмидосодержащими сравнению с бесплазмидным природными бесплазмидными микроорганизмом, в то время как штаммами и их вариантами за 7 суток роста при 24 С. наличие плазмид pOV17 и (плазмида pNF142::TnMod-OТc обозначена как pM) pNF142::TnMod-OТc в этом же штамме не оказывало такого значительного эффекта (Рис. 1). Известно, что плазмиды pBS216 и pOV17 структурно аналогичны, но существенно отличаются уровнем активности катехол-2,3 диоксигеназы (Anokhina et.al., 2006). Гены, кодирующие данный фермент, часто имеют плазмидную локализацию, что может влиять на эффективность деградации нефти одним и тем же бактериальным хозяином, несущим различные плазмиды. Полученные результаты показывают, что важным аспектом катаболического потенциала микроорганизмов в процессе деструкции нефти является комбинация «бактериальный хозяин – плазмида». Присутствие плазмиды pBS1141 в штамме P. putida BS3701 также приводило к увеличению (в 4 раза) убыли углеводородов нефти по сравнению с элиминантом BS3701E.

Как видно из данных рисунка 2, плазмидосодержащие бактерии имели больший прирост биомассы клеток при росте на нефти по сравнению с бесплазмидными микроорганизмами.

Наличие плазмидных генов биодеградации расширяет спектр утилизируемых субстратов бактерии хозяина, что подтверждалось способностью утилизировать различные ароматические углеводороды (нафталин, фенантрен и т.д.) плазмидосодержащими бактериями по Рис. 2. Отношение конечной численности сравнению с бесплазмидными микроорганизмов к исходной концентрации штаммами. Например, нафталин клеток через 7 суток.

диоксигеназа, кодируемая генами, входящими в состав плазмиды биодеградации нафталина, катализирует порядка 76 реакций, (реакции диоксигенирования, монооксигенирования, дегидратации, O- и N- деалкилирования и сульфоокисления).

При сравнительном изучении влияния плазмид биодеградации нафталина на изменение фракционного состава в остаточном количестве нефти было обнаружено увеличение степени деструкции гексановой, бензольной и бензольно-спиртовой фракций, по сравнению с результатами, полученными при использовании бесплазмидных штаммов. Наибольшая деструкция парафинонафтеновых, моно- и полиароматических углеводородов, асфальтенов и смол обнаружена в образце со штаммом P. сhlororaphis PCL1391(pBS216), где степень деградации трех фракций составила 38%, 31% и 26%, соответственно, что обусловило наивысший показатель степени деструкции нефти (47,7%) в данном эксперименте.

Таким образом, полученные данные свидетельствуют о том, что наличие плазмид биодеградации полициклических ароматических углеводородов (ПАУ) в штаммах-хозяевах приводит к увеличению степени деструкции нефти этими микроорганизмами и приросту биомассы клеток бактерий по сравнению с их бесплазмидными вариантами. Результаты, полученные в аналогичных экспериментах, со штаммами, содержащими плазмиды деградации толуола или камфары, также показали преимущество плазмидосодержащих микроорганизмов в процессе деградации нефти по сравнению с элиминатами данных бактерий.

Изучение процесса биодеградации нефти плазмидосодержащими штаммами-деструкторами по сравнению с бесплазмидными бактериями проводили также в модельных стерильных и нестерильных почвенных системах (микрокосмах) в течение 8 недель. Микрокосмы инокулировали следующими штаммами микроорганизмов рода Pseudomonas: BS3701(pBS1141, pBS1142), BS3701E(pBS1142) – элиминант, PCL1391 – бесплазмидный штамм, PCL1391(pOV17) и PCL1391(pBS216). Для оценки испарения и абиотической деградации нефти использовали стерильную почву (микрокосм 1). Вклад аборигенных микроорганизмов в деградацию оценивали по убыли нефти в нестерильной почвенной системе (микрокосм 2). Исследование популяционной динамики интродуцированных и аборигенных микроорганизмов проводили в микрокосмах 8 – 12. Исследование популяционной динамики интродуцированных бактерий проводили в микрокосмах 3 – 7.

Таблица 1.

Модельные почвенные эксперименты с добавлением минерального удобрения во все микрокосмы № Эксперимент со № Эксперимент с нестерильной микрокосма стерильной почвой микрокосма почвой контроль без контроль с аборигенными 1 микроорганизмов бактериями 3 PCL 1391 8 PCL 4 PCL 1391(pOV17) 9 PCL 1391(pOV17) 5 PCL 1391(pBS216) 10 PCL 1391(pBS216) 6 BS3701E(pBS1142) 11 BS3701E(pBS1142) 7 BS3701(pBS1141, pBS1142) 12 BS3701(pBS1141, pBS1142) Определение числа КОЕ показало, что исходная концентрация нефтедеструкторов в почве была 5,23103 КОЕ/г сухой почвы, при общей численности гетеротрофов – 4,87106 КОЕ/г сухой почвы. Численность углеводородокисляющих микроорганизмов к концу эксперимента в контрольной системе (нестерильной почве с аборигенными микроорганизмами) составила 9,43105 КОЕ/г сухой почвы, а общее число гетеротрофов – 3, КОЕ/г сухой почвы. Таким образом, количество бактерий-деструкторов углеводородов нефти увеличилось на 2 порядка, а титр общего числа гетеротрофов остался практически на том же уровне к концу эксперимента.

Исходная концентрация внесенных микроорганизмов составляла бактерий в 1 г сухой почвы. Титр интродуцированных плазмидосодержащих штаммов к концу эксперимента увеличился приблизительно на 1 порядок относительно исходной численности клеток. Причем в нестерильных системах разница между исходным и конечным количеством интродуцированных плазмидосодержащих бактерий была на 0,5 порядка выше, чем в стерильных микрокосмах. Через 8 недель численность бесплазмидных микроорганизмов в нестерильных условиях была практически сопоставима с исходным титром клеток, такой же эффект наблюдался и в стерильной почве. Таким образом, наличие плазмидных генов биодеградации ароматических соединений обеспечивает преимущество в приросте биомассы плазмидосодержащих штаммов по сравнению с их бесплазмидными вариантами.

При оценке динамики численности микроорганизмов в нестерильной почве было выявлено, что количество плазмидосодержащих бактерий превышало численность бесплазмидных микроорганизмов на 12-22 % от общего числа гетеротрофов. Результаты определения общего титра углеводородокисляющих микроорганизмов в нестерильной почве показали, что численность нефтедеструкторов в системах с интродуцированными плазмидосодержащими штаммами на 1 порядок выше, по сравнению с системами, инокулированными бесплазмидными вариантами бактерий. Это позволяет предположить наличие процессов переноса генов катаболических плазмид, способствующего адаптации почвенных бактерий к изменяющимся условиям среды (Brokamp and Schmidt, 1991).

Как видно из данных рисунка 3А, в процессе деградации нефти в стерильной почвенной системе наблюдался значительный эффект при внесении плазмидосодержащих штаммов BS3701(pBS1141, pBS1142), PCL1391(pOV17) и PCL1391(pBS216) и минерального удобрения (нитроаммофоски).

А Б Рис. 3. Степень деградации нефти в стерильной (А) и нестерильной (Б) почве через недель В нестерильной почве степень деградации нефти интродуцированными плазмидосодержащими микроорганизмами была выше по сравнению со стерильной почвой, инокулированной теми же бактериями (рис. 3Б). Данный факт можно объяснить наличием и активностью аборигенных микроорганизмов в почве, возможным горизонтальным переносом плазмид между интродуцированными плазмидосодержащими микроорганизмами и аборигенными бактериями, что ранее было описано в работах (Top et.al., 1999;

Ахметов с соавт., 2006). Ранее было показано, что интродукция ассоциации микроорганизмов, включающих плазмидосодержащие штаммы, ускоряет процессы деградации ПАУ (Пунтус с соавт., 2008) и нефти (Filonov et.al., 2007) в почве. Однако в этих работах не проводилось сравнения степени деструкции с бесплазмидными вариантами исследуемых штаммов. В результате проведённых нами модельных почвенных экспериментов установлено, что при интродукции плазмидосодержащих микроорганизмов степень деструкции нефти увеличивалась в 2 – 3 раза, по сравнению с интродукцией бесплазмидных штаммов.

Таким образом, в лабораторных условиях было показано, что использование плазмидосодержащих микроорганизмов в процессе очистки нефтезагрязненных систем способствует приросту биомассы бактерий и увеличению степени деградации нефти по сравнению с бесплазмидными бактериями. Обобщая результаты, полученные на первом этапе, представляется целесообразным использование в составе биопрепаратов для очистки окружающей среды от нефти микроорганизмы-деструкторы, содержащие плазмиды биодеградации ароматических соединений.

2. Биодеструкция нефти наиболее активными штаммами нефтедеструкторами и составление ассоциации плазмидосодержащих бактерий для биодеградации нефти и нефтепродуктов Известно, что при применении ассоциаций микроорганизмов биодеградация нефти происходит более эффективно и за меньшие сроки, чем при использовании индивидуальных бактерий (Сидоренко, 2002). Этот факт можно объяснить тем, что, обладая разными ферментными системами, при совместном действии микроорганизмы, входящие в состав ассоциации способны деградировать углеводороды с большей эффективностью. Для составления эффективной микробной ассоциации для биоремедиации нефтезагрязненных территорий были исследованы 7 штаммов микроорганизмов из коллекции лаборатории биологии плазмид ИБФМ РАН и 10 бактерий из коллекции коммерческой фирмы ЗАО «Биоойл».

Все исследуемые микроорганизмы были способны к росту на нефти, дизельном топливе, мазуте. Использование нафталина или салицилата в качестве единственного источника углерода и энергии было обнаружено у штаммов 142NF и F701. Штаммы S25, S67, F701, 5 и 1B обладали способностью использовать толуол в качестве единственного источника углерода и энергии. Деструкция декана, нонана, гексадекана не была выявлена у микроорганизмов 1A, 142NF и F701. Разрушение бензоата было обнаружено у штаммов бактерий S67, X5, X25, 142NF и F701. Приведенные данные иллюстрируют избирательную способность изученных штаммов-деструкторов к деградации различных углеводородов, что необходимо для составления эффективных ассоциаций микроорганизмов-нефтедеструкторов. Исследуемые бактерии были проверены на устойчивость к различным антибиотикам, что необходимо для мониторинга отдельных штаммов в составе смешанной популяции.

Устойчивость к 5% морской соли при загрязнении жидкой минеральной среды 2% дизельного топлива была выявлена у всех 17 бактерий. Причем, штаммы 142NF и 2B утилизировали дизельное топливо в присутствии 7% соли, а микроорганизм Х5 – 10%. Кроме того, штаммы из коллекции лаборатории биологии плазмид способны деградировать дизельное топливо в диапазоне рН среды 5 – 7, причем микроорганизмы S25, S26 и F701 устойчивы к рН 8.

Практически все бактерии из коллекции ЗАО «Биоойл», за исключением штаммов 2C, 3, 4 и 5, были способны к росту в жидкой минеральной среде, загрязненной 2% нефтепродуктов (дизельное топливо) в диапазоне рН 5 – 9.

Для микроорганизмов 1B, 2A, 6 и 7, из данной коллекции, наблюдался рост при более кислых (рН 4) и более щелочных (рН 10) показателях рН. Почти все изучаемые микроорганизмы способны деградировать нефть и нефтепродукты (дизельное топливо) (2%) в температурном диапазоне 4 – 30 °С, кроме штаммов 4, 2B и 2C, которые росли при температуре 14 - 30°С. Разрушение загрязнителя (нефть или дизельное топливо) при температуре 42°С было выявлено у штаммов бактерий F701, 1B, 6, 7, S26 и S25.

Была проведена оценка роста бактерий в жидкой минеральной среде Эванса с добавлением различных концентрации нефти при температурах 24°С и 4 °С. При росте микроорганизмов в жидкой минеральной среде при температуре 24С в течение 10 суток с концентрацией нефти 40% наилучшие показатели были отмечены только у штаммов S25, S26, 1B, 6 и F701, а при 4°С в аналогичных условиях наилучший рост был отмечен только у микроорганизма S26. Бактерии S25, S26, 1B, 6, F701, Х25 и 7 минерализуют нефть в концентрации 30% при комнатной температуре, а штаммы 7, 6 и S деградируют аналогичную концентрацию нефти и при 4°С. В условиях культивирования микроорганизмов в жидкой минеральной среде с дизельным топливом в концентрации 40% и с добавлением 3% морской соли при температуре 24°С наилучшие результаты были получены для штаммов F701,1B, S26, 2C и 6, а при 4 °С микроорганизмы 1B и S26 были способны к росту в данных условиях. Бактерии F701, 1B, S26, 2C, 7 и 6 минерализовали дизельное топливо при его концентрации 30% в присутствии 3% морской соли при 24°С, а в аналогичных условиях при пониженной положительной температуре деструкция дизельного топлива наблюдалась у штаммов F701, 1B, S26, 7 и 6.

Таким образом, микроорганизмы S26, S25, Х25, 2C, 1B, 6, F701, минерализовали высокие концентрации нефти и нефтепродуктов (до 30%) в присутствии 3% морской соли в диапазоне температур 4 - 42°С и рН 4-10. Это предполагает возможность их использования в засоленных природных условиях (например, на территории нефтеразлива, где кроме нефти присутствуют минерализованные пластовые воды). В связи с тем, что нередко встречаются кислые почвы, требующие очистки от нефтяных загрязнений (Gemmell, Knowlas, 2000), выявленная у исследуемых штаммов способность к деструкции нефтяных углеводородов в кислой среде может использоваться для биоремедиации нефтязагрязненных объектов, характеризующихся повышенной кислотностью.

Одной из причин высокой устойчивости нефтепродуктов в окружающей среде является их ограниченная растворимость в воде. Поэтому такие соединения малодоступны для микроорганизмов и с трудом подвергаются биодеградации. Однако известно, что при культивировании в минеральных средах с использованием в качестве источника углерода и энергии различных нефтепродуктов, некоторые микроорганизмы синтезируют биоэмульгаторы, повышающие биодоступность углеводородов (Ившина, 1993). Рассматривая физиологическое значение биосурфактантов, важно подчеркнуть, что они продуцируются широким спектром микроорганизмов, их молекулы имеют различную химическую структуру и физико-химические свойства. Были обнаружены биосурфактанты экзо-типа, не связанные с клеточной стенкой, выделяемые штаммами 2B, S26, S67, 142NF, Х25, F701 и 5 (Табл.2). Остальные исследованные в данной работе микроорганизмы-деструкторы, синтезировали биоэмульгаторы, относящиеся к эндо-типу и в результате оптическая плотность культуральной жидкости после центрифугирования в присутствии гексадекана была низкой, поскольку продуцируемые ими биоэмульгаторы были связаны с клеточной стенкой. Разные типы биосурфактантов играют различную роль в физиологии продуцирующих их микроорганизмов. Вполне вероятно, что одни биосурфактанты могут обеспечивать преимущество их продуцентов в трофических цепях определенной экологической ниши, тогда как другой тип биоэмульгаторов может способствовать увеличению эффективности защитных механизмов в лимитированных или экстремальных условиях (Bodour, 2003). Известно, что существует возможность передачи высокомолекулярных биоэмульгаторов от представителя одного бактериального вида или даже рода к другому, что имеет большое значение в природных микробных сообществах.

Таблица 2.

Эмульгирующая активность микроорганизмов при 24С.

Поверхностная активность Индекс эмульгирования, % Оптическая плотность Штамм через 24 часа Визуально супернатанта, при =540нм 1A 3 0,03 21, Acinetobacter baumannii 1B 3 0,03 46, 2A 4 0,08 10, 2B 4 1,01 10, 2C 2 0,01 17, 3 4 0,04 14, 4 1 0,01 1, 5 4 0,71 22, Serratia sp. 6 1 0,01 10, Acinetobacter baumannii 7 3 0,05 51, Rhodococcus sp. X5 4 0,167 43, Rhodococcus sp. X25 4 0,640 21, Rhodococcus sp. S25 4 0,135 8, Rhodococcus erythropolis S26 4 2,280 47, Rhodococcus sp. S67 3 1,663 47, Pseudomonas sp. 142NF 4 1,590 2, Pseudomonas putida F701 4 1,033 50, При определении индекса эмульгирования, который выражался в процентном соотношении высоты эмульгированного слоя к общей высоте жидкости в пробирке, были выявлены штаммы, продуцирующие наибольшее количество биологических поверхностно-активных веществ: 1B, 7, Х5, S26, S и F701 (Табл. 2). Поскольку углеводородокисляющие микроорганизмы растут на границе раздела фаз «углеводород/вода», синтез эмульгаторов при высокой клеточной плотности увеличивает площадь поверхности углеводородных капель, создавая оптимальные условия питания для большего числа бактерий. В то же время, при использовании такого сложного субстрата, как нефть, по окончании процесса ферментативного окисления её легкодеградируемых фракций наличие эмульгатора позволяет бактериям, отсоединяться от «использованной» нефтяной капли и переходить к «свежему» субстрату (Ron, Rosenberg, 2001).

После определения основных физиолого-морфологических характеристик штаммов, была проведена идентификация наиболее активных микроорганизмов-нефтедеструкторов (Табл. 2 колонка 1).

Нефть и нефтепродукты являются сложными, многокомпонентными загрязнителями окружающей среды, содержащими несколько сотен различных химических соединений. Нефтедеградирующую активность исследованных микроорганизмов оценивали по суммарному показателю убыли нефти в жидкой среде, определяемому весовым методом. При биодеструкции нефти происходит не только количественное (уменьшение содержания нефти), но и качественное изменения (изменение фракционного состава). Т.е. наблюдается избирательная деградация или трансформация отдельных компонентов нефти микроорганизмами. Применение фракционирования на силикагеле позволяет разделить остаточную нефть на три условные фракции: гексановая – содержит парафинонафтеновые и ароматические углеводороды, бензольная – полициклические ароматические углеводороды;

спирто-бензольная нафтеновые кислоты, спирто-бензольные смолы (Сафонова, 1984).

Наибольшая убыль гексановой фракции при температуре 24 °С наблюдалась у штаммов Rhodococcus erytropolis S26, Rhodococcus sp. S25, Serratia sp. 6 и Acinetobacter baumannii 7. В этих же условиях бактерии Acinetobacter baumannii 1B и Pseudomonas putida F701 эффективно разлагали асфальтено-смолистые компоненты нефти. При температуре 24 °С бактерии рода Pseudomonas F701 и 142NF также эффективно разлагали углеводороды бензольной фракции. При пониженной положительной температуре (4 °С) способность к деградации бензольно-спиртовой фракции была отмечена у микроорганизмов Rhodococcus erytropolis S26, Rhodococcus sp. S25, Serratia sp.

6 и Acinetobacter baumannii 1B, а у штамма Acinetobacter baumannii 7 была выявлена способность к деструкции в первую очередь лёгких фракций нефти.

Различия фракционного состава остаточного количества нефти в экспериментальных образцах, возможно, свидетельствуют о способности изученных микроорганизмов использовать ту или иную фракцию загрязнителя в качестве источника углерода и энергии.

Рис. 4. Электрофореграмма плазмидных ДНК штаммов деструкторов 1 – Rhodococcus sp. X25 (35, 21, 17 т.п.н.) 2 – Rhodococcus sp. S25 (77, 55, 36, 20 т.п.н.) 3 – Pseudomonas putida F701 (96, 36 т.п.н.) 4 – Acinetobacter baumannii 7 (50, 42, 20, 12, 6 т.п.н.) 5 – Serratia sp. 6 (14, 7 т.п.н.) 6 – Acinetobacter baumannii 1B (67, 48, 34 т.п.н.) 7 – Rhodococcus erythropolis S26 (48, 30, 15 т.п.н.) 8 – штамм 4 (30, 8, 6 т.п.н.) 1 т.п.н. ДНК-маркер, Ladder PFG маркер Так как на первом этапе работы было показано влияние плазмид биодеградации ПАУ на эффективность деструкции нефти, поэтому важным критерием отбора микроорганизмов для составления ассоциации было наличие в них катаболических плазмид. В результате скрининга 17 штаммов, обнаружены плазмиды у 8 штаммов-деструкторов: Rhodococcus sp. X25, Rhodococcus sp. S25, Pseudomonas putida F701, Acinetobacter baumannii 7, Rhodococcus sp. S67, Acinetobacter baumannii 1B, Rhodococcus erythropolis S26, штамм 4 (рис. 4). Плазмида биодеградации нафталина pNF142 в штамме Pseudomonas sp. 142NF(pNF142), описана ранее (Ахметов, 2006). Как видно из данных рисунка 4, присутствие плазмид было выявлено в штаммах 1B, 4, 6, 7, S26, X25, S25 и F701.

Для установления возможности локализации генов биодеградации нафталина (F701) или гексадекана (1B, 4, 6, 7, S26, X25, S25) на плазмидах, выявленных у исследуемых бактерий, были проведены эксперименты по спонтанной элиминации плазмид путем культивирования штаммов в неселективных условиях (ЛБ-среда). Длительное культивирование в богатой среде Pseudomonas putida F701 и штамма 4 приводило к появлению в популяциях бесплазмидных клеток. Элиминанты P. putida F701 и штамма были не способны к росту на нафталине и гексадекане, соответственно.

Выявленные плазмиды стабильно наследовались у штаммов 1B, 6, 7, S26, X25 и S25. В результате инкубации клеток бактерий 1B, 6, 7, S26 и S25 в присутствии бромистого этидия (10 мкг/мл) были получены элиминанты, утратившие способность расти на средах, содержащих гексадекан. Высокая частота элиминации признака деградации алканов при обработке элиминирующие агентом позволила предположить плазмидный контроль деградации поллютанта. Для определения возможной конъюгативности плазмид были поставлены эксперименты по скрещиванию, где в качестве доноров использовали деструктор нафталина F701 и деструкторы гексадекана 1B, 4, 6, 7, S26 и S25, а реципиентом был бесплазмидный штамм Pseudomonas putida КТ2442. В результате было обнаружено, что микроорганизмы 7 и F содержат конъюгативные катаболические плазмиды и, таким образом, способны увеличивать деградативный потенциал почвенных микробных популяций за счет распространения генов среди аборигенных бактерий. Даже в том случае, если эти микроорганизмы после интродукции в окружающую среду окажутся неконкурентоспособными, и постепенно будут элиминироваться, тем не менее, они могут быть донорами катаболических генов посредством конъюгационного переноса плазмид. Вопрос о конъюгативности плазмид микроорганизмов 1B, 4, S25, 6 и S26 остается открытым, однако они также могут участвовать в распространении катаболических генов, например, путем трансформации. При этом клетка-хозяин погибает и лизируется, ДНК с катаболическими генами попадает в окружающую среду и некоторое время может в ней сохраняться, а при контакте с подходящим новым бактериальным хозяином путем трансформации ДНК может встраиваться в генетическую систему микробной клетки (Прозоров, 1999). Поэтому, включение в состав биопрепарата микроорганизмов, содержащих конъюгативные или неконъюгативные плазмиды биодеградации, представляется новым и перспективным аспектом при разработке новых технологий биоремедиации.

Составление ассоциации для очистки почвы от нефти и нефтепродуктов Для составления ассоциации штаммов-деструкторов углеводородов нефти были последовательно использованы два подхода: 1) на основании анализа и последующего комбинирования физиологических, метаболических и деструктивных свойств микроорганизмов, а также, наличия плазмид в штаммах бактерий, 2) селекция при периодическом культивировании смешанной ассоциации наиболее активных микроорганизмов в жидкой минеральной среде с нефтью в качестве единственного источника углерода и энергии.

Таблица 3.

Критерии отбора микроорганизмов для составления ассоциации критерии отбора микроорганизмов микроорганизмы рН среды 5 – 8 1А, 1B, 2А, 2B, 6, 7, S25, S26 и F 1А, 1B, 2А, 2B, 2С, 3, 4, 5, 6, 7, Х5, Х25, 5% NaCl S25, S26, S67, 142NF и F температура 4 – 42°С 1B, 6, 7, S25, S26 и F концентрация нефти 30% при 24°С 1B, 6, 7, Х25, S25, S26 и F концентрация нефти 20% при 2 – 4°С 6, 7, S25, S26 и F концентрация дизельного топлива 30% 1B, 2С, 6, 7, S26 и F при 24°С концентрация дизельного топлива 30% 1B, 6, 7, S26 и F при 4°С активный продуцент биосурфактантов 1B, 7, Х5, S26, S67 и F наличие катаболических плазмид 1B, 4, 6, 7, S26, S67, X25, S25 и F Примечание: жирным шрифтом выделены штаммы, с наилучшими показателями критериев отбора На основании вышеперечисленных свойств (Табл. 3), были отобраны следующие бактерии Rhodococcus erytropolis S26, Rhodococcus sp. S25, Acinetobacter baumannii 1B, Serratia sp. 6, Pseudomonas putida F701, Acinetobacter baumannii 7. Выбранные микроорганизмы были инокулированы в жидкую минеральную среду (рН среды 4), загрязненную 15% нефти при температурах 4°С или 24°С. Бактерии Rhodococcus erytropolis S26, Acinetobacter baumannii 1B, Acinetobacter baumannii 7 и Pseudomonas putida F701 имели преимущества в скорости роста и доминировали в смешанной популяции. В результате, перечисленные микроорганизмы вошли в состав ассоциации, которая получила название консорциум «ВиО». Следует отметить, что бактерии Acinetobacter baumannii 1B, Rhodococcus erytropolis S26, Acinetobacter baumannii 7 содержат плазмиды биодеградации гексадекана, а штамм Pseudomonas putida F701 имеет гены биодеградации нафталина, входящие в состав конъюгативной плазмиды pF701a. Таким образом, была отобрана перспективная ассоциация плазмидосодержащих штаммов-деструкторов для очистки почвенных и водных экоситем от нефти, в том числе и в условиях высокой концентрации нефтепродуктов, в широком температурном и рН – диапазонах.

3. Оценка эффективности биодеградации нефти и нефтепродуктов ассоциацией плазмидосодержащих штаммов «ВиО» при культивировании консорциума в жидкой минеральной среде Для оценки эффективности деградации нефти отобранным консорциумом штаммов «ВиО» были проведены эксперименты в жидкой минеральной среде при температурах 4°С, 24°С и 50°С. В ходе проведенных лабораторных испытаний максимальная скорость снижения концентрации нефти наблюдалась уже через 15 суток (Рис. 5). Данный эффект достигался, возможно, за счет деградации микроорганизмами, в первую очередь, н-алканов (до С12) и циклических соединений с одним ароматическим кольцом легких фракций нефти. Вероятно, снижение скорости деградации во второй половине эксперимента обусловлено разрушением тяжелых (асфальтеновых) фракций поллютанта, которые Рис. 5. Степень деструкции нефти являются более трудноусваиваемыми ассоциацией «ВиО» при температурах 4°С, 24°С и 50 °С в жидкой минеральной среде компонентами нефти. Наибольшая степень деградации наблюдалась в с 15% нефти в течение 30 дней системе при температуре 4°С и (серые столбцы – через 15 суток, темные столбцы – через 30 суток) составила 44,05% относительно контроля без микроорганизмов. Однако, деградацию нефти в исследуемых системах оценивали относительно контроля, в котором происходили процессы абиотической убыли. Причем абиотическая убыль при температуре 4°С была меньше, чем при 24°С. Соответственно, остаточная концентрация нефти в контроле при низкой положительной температуре была больше, чем количество нефти при 24°С. Оценивая возможное соотношение фракций в контроле при 4°С, количество летучих биодоступных и легкоусваиваемых бактериями углеводородов превышало содержание этих соединений в контроле при температуре 24°С. Несмотря на то, что при комнатной температуре микроорганизмы ассоциации «ВиО» находились в оптимальных условиях, им были доступны в основном средние и тяжелые фракции нефти, требующие более длительного периода окисления.

Наименьшая убыль нефти была выявлена в жидкой минеральной среде при 50°С - 0,93%. При температуре 50°С бактерии ассоциации находились в лимитированных условиях, таких как высокая температура;

отсутствие легкоусваиваемых углеводородов легких фракций, которые испарялись в первые дни эксперимента, при этом происходило концентрирование более тяжелых соединений, входящих в состав загрязнителя. Таким образом, проведенные лабораторные исследования продемонстрировали высокую эффективность деградации нефти консорциумом «ВиО» при пониженной и умеренной температурах.

4. Сравнительная эффективность деструкции нефти и дизельного топлива ассоциацией «ВиО» и биопрепаратами «МикроБак» и «Биоойл» в жидкой минеральной среде В качестве объектов сравнения были выбраны: биопрепарат «МикроБак», который ранее был создан сотрудниками лаборатории биологии плазмид ИБФМ РАН и биопрепарат «Биоойл», предоставленный ЗАО «Биоойл» для анализа деградативной активности. В состав биопрепарата «МикроБак» входят бактерии родов Pseudomonas и Rhodococus, а биопрепарат «Биоойл» состоит из микроорганизмов родов Bacillus, Sacharomyces, Acinetobacter, Enterobacter.

А) Оценка эффективности отобранной ассоциации «ВиО» по сравнению с биопрепаратами «Биоойл» и «МикроБак» была проведена в жидкой минеральной среде с нефтью (15%) в качестве единственного источника углерода и энергии. На рисунке 6 представлены результаты анализа степени деструкции нефти, полученные методом ИК-спектрометрии, в условиях культивирования ассоциации ВиО и биопрепаратов «Биоойл» и «МикроБак» в жидкой минеральной среде с 15% нефти при температурах 4°С и 24 °С в течение 30 дней. При температуре 4°С использование ассоциации «ВиО» привело к наибольшей убыли углеводородов нефти (44%) через 30 суток, в то время как, значение степени деструкции в системах, инокулированных биопрепаратом «Биоойл» в течение первых 15 суток было незначительным (8%), а к концу эксперимента (через 30 суток) этот параметр достиг показателя 36%, сравнимого с максимальной деградацией биопрепаратом «МикроБак» 40% (Рис. 6А).

А) при температуре 4 °С Б) при температуре 24 °С Рис. 6. Степень деструкции нефти при культивировании ассоциации ВиО и биопрепаратов «Биоойл» и «МикроБак» в жидкой минеральной среде с 15% нефти в течение 30 дней (серые столбцы – через 15 суток, темные столбцы – через 30 суток) При температуре 24°С использование ассоциации «ВиО» привело к наибольшей убыли углеводородов нефти как через 15 суток – 31%, так и через 30 суток – 39% (Рис. 6Б). Сравнение степени деструкции биопрепаратов «Биоойл» 36 % и «МикроБак» 34% показало, что оба биопрепарата проявляли себя практически одинаково в отношении деструкции нефти. Потребление нефти бактериями, входящими в состав биопрепаратов «МикроБак» и «Биоойл» по сравнению со штаммами ассоциации «ВиО» (Рис. 6) происходило медленнее, что, возможно, связано с более длинным периодом адаптации микроорганизмов-деструкторов, что подтверждалось результатами определения динамики численности бактерий.

Б) Была проведена оценка эффективности отобранной ассоциации «ВиО» по сравнению с биопрепаратами «Биоойл» и «МикроБак» в жидкой минеральной среде с 3% морской соли и нефтью (15%) в качестве единственного источника углерода и энергии. Результаты анализа показали, что максимальная степень деструкции (33 % ) была достигнута при культивировании ассоциации «ВиО» в жидкой минеральной среде с 15% нефти и 3 % морской соли при 4 °С в течение 30 дней (Рис. 7А). Показатели убыли нефти в системах, инокулированных биопрепаратами «МикроБак» (23%) и «Биоойл» (18%) были ниже на 10 – 15%. В результате проведения аналогичных экспериментов при температуре 24°С в течение 30 дней (Рис. 7Б), наибольшая эффективность процесса деградации (около 20%) наблюдалась при интродукции ассоциации «ВиО» или биопрепарата «МикроБак», в то время как в случае биопрепарата «Биоойл» этот показатель достиг всего лишь 3 %.

А) при температуре 4 °С Б) при температуре 24 °С Рис. 7. Степень деструкции нефти при культивировании ассоциации ВиО и биопрепаратов «Биоойл» и «МикроБак» в жидкой минеральной среде с 15% нефти и 3 % морской соли в течение 30 дней При сравнении данных рисунков 7А и 7Б видно, что процент деградации нефти разработанной ассоциацией «ВиО» и биопрепаратами выше при пониженной положительной температуре. Сравнение данных рисунков 6 и показало, что присутствие морской соли в среде снижало эффективность деградации нефти.

В) Оценка эффективности разработанной ассоциации «ВиО» по сравнению с биопрепаратами «Биоойл» и «МикроБак» в жидкой минеральной среде с 3% морской соли и дизельным топливом (15 %) в качестве единственного источника углерода и энергии. При температуре 4 °С (Рис. 8А) через 30 дней степень деструкции достигла 63 % в случае использования ассоциации «ВиО», тогда как этот показатель для биопрепаратов «Биоойл» и «МикроБак» составил 42% и 52 %, соответственно. Следует отметить, что максимальная скорость убыли загрязнителя для систем, инокулированных биопрепаратом «Биоойл» и консорциумом «ВиО», была выявлена в первой половине эксперимента (через 15 суток).

А) при температуре 4 °С Б) при температуре 24 °С Рис. 8. Степень деструкции дизельного топлива при культивировании ассоциации ВиО и биопрепаратов «Биоойл» и «МикроБак» в жидкой минеральной среде с 15% дизельного топлива и 3 % морской соли в течение 30 дней (серые столбцы – через 15 суток, темные столбцы – через 30 суток) При температуре 24 °С, по результатам ИК-спектрометрии, степень деградации дизельного топлива достигла максимума на 30 сутки культивирования для ассоциации «ВиО» и составила 61% (Рис. 8Б), значения степени деструкции через 15 и 30 суток для биопрепаратов «Биоойл» и «МикроБак» практически не изменились и составили примерно 30 и 37%, соответственно. При использовании в качестве загрязнителя дизельного топлива наблюдалась увеличение степени деструкции этого поллютанта во всех системах (Рис. 8) по сравнению с результатами по убыли нефти в аналогичных экспериментах (Рис. 6 и Рис. 7) при пониженной температуре. По-видимому, это связано с тем, что в состав дизельного топлива входят более легкоутилизируемые микроорганизмами углеводороды, по сравнению с многокомпонентным составом нефти. В мезофильных условиях (24 С) только при использовании консорциума «ВиО» наблюдались более высокие показатели деструкции дизельного топлива (61%), чем нефти (38% - Рис. 6Б и 22% - Рис. 7Б в присутствии морской соли). Возможно, микроорганизмы биопрепаратов «МикроБак» и «Биоойл» менее устойчивы к токсичным низкомолекулярным соединениям, входящим в состав дизельного топлива.

В целом можно отметить, что при культивировании биопрепаратов «МикроБак», «Биоойл» и консорциума «ВиО» в жидкой минеральной среде с нефтью, была выявлена наибольшая эффективность деградации поллютанта при низкой комнатной температуре. Тем не менее, во всех проведенных экспериментах в жидкой минеральной среде консорциум «ВиО» был наиболее эффективен в отношении деградации нефти и дизельного топлива 5. Сравнительная эффективность деструкции нефти ассоциацией «ВиО» и биопрепаратами «МикроБак» и «Биоойл» в модельных почвенных системах Оценка эффективности отобранной ассоциации «ВиО» по сравнению с биопрепаратами «Биоойл» и «МикроБак» также была проведена в модельных нестерильных почвенных системах, загрязненных 2% нефти:

вклад аборигенных микроорганизмов в деградацию углеводородов оценивали по убыли нефти в модельной нестерильной почвенной системе (микрокосмы 1, 2 (где стимуляция деградации нефти аборигенными микроорганизмами происходила за счет внесения минеральных удобрений));

исследование степени деструкции нефти и популяционной динамики интродуцированных и аборигенных микроорганизмов проводили в микрокосме 3 (почва загрязненная нефтью с добавлением нитроаммофоски и биопрепарата «МикроБак»);

микрокосм 4 (почва загрязненная нефтью с добавлением нитроаммофоски и биопрепарата «Биоойл»), микрокосм 5 (почва загрязненная нефтью с добавлением нитроаммофоски и ассоциации «ВиО»).

Внесение в почву бактериальных препаратов «МикроБак», «Биоойл» и исследуемой ассоциации «ВиО» способствовало повышению степени деградации загрязнителя и увеличению численности углеводородокисляющих микроорганизмов по отношению к контрольной нефтезагрязненной почве.

Аналогичные результаты были получены в работе Биккининой (Биккинина с соавт., 2006).

Известно, что легкие фракции обладают наибольшей токсичностью по отношению к живым организмам, но влияние их достаточно кратковременно вследствие быстрого испарения, биодеградации, рассеивания. Тяжелые фракции менее токсичны, но они значительно ухудшают свойства почв, затрудняя водо- и газообмен. Эти компоненты очень устойчивы и могут сохраняться в земле продолжительное время. Наиболее опасна группа ПАУ, являющихся продуктами неполного сгорания ископаемого топлива и органических веществ (Панченко и др., 2003).

Таблица 4.

Убыль нефти в модельных системах с 2% нефти через 42 дня.

Микрокосмы Убыль нефти, % Контроль без внесенных микроорганизмов и 1 22,83±3, нитроаммофоски 2 Контроль без внесенных микроорганизмов + нитроаммофоска 30,59±2, 3 «МикроБак» + нитроаммофоска 51,23±4, 4 «Биоойл» + нитроаммофоска 44,48±2, 5 Ассоциация «ВиО» + нитроаммофоска 58,71±1, По данным фракционного анализа, микроорганизмы ассоциации «ВиО» способны к деструкции разных фракций нефти (бактерии рода Acinetobacter 1B и 7, Rhodococcus erytropolis S26 минерализуют в первую очередь углеводороды гексановой фракции, а штамм Pseudomonas putida F701 – бензольной), что возможно, и обеспечило максимальную убыль нефти в данном эксперименте 59% (Табл. 4). Кроме того, присутствие катаболических плазмид во всех штаммах ассоциации «ВиО» также давало преимущество в деградации нефти в модельных системах, по сравнению с системами, обработанными другими биопрепаратами.

Ранее было показано, что углеводородокисляющие микроорганизмы, входящие в основу биопрепарата и вносимые в почву, должны обладать высокой жизнеспособностью (Гузев, Звягинцев, 1998). Видимо, это требование справедливо для штаммов ассоциации «ВиО», поскольку их численность находилась примерно на одном уровне в течение всего эксперимента (микрокосм 5).

В результате проведенной агротехнической обработки (рыхление, внесение минеральных удобрений, увлажнение) в искусственных нефтезагрязненных почвенных системах наблюдалось увеличение численности в первую очередь углеводородокисляющих микроорганизмов. Так как известно, что загрязнение нефтью обуславливает флуктуацию среды, снижает видовое разнообразие микроорганизмов за счет отбора немногочисленных видов с повышенной метаболической активностью (Исмаилов, 1988). В наших экспериментах максимальный прирост биомассы нефтедеструкторов был достигнут к 28 дню от начала проведения эксперимента. Наблюдалось увеличение общей численности нефтедеструкторов на 1 порядок в модельных системах 3-5 за счет физиологической и метаболической активности интродуцированных штаммов-деструкторов, входящих в состав биопрепаратов и ассоциации «ВиО», по сравнению с контролем (микрокосм 1). В целом, проведенные лабораторные испытания продемонстрировали более эффективную утилизацию углеводородов нефти консорциумом «ВиО» по сравнению с биопрепаратами «МикроБак» и «Биоойл».

6. Полевые испытания ассоциации «ВиО» и коммерческих биопрепаратов ЗАО «Биоойл» На основе отобранной микробной ассоциации «ВиО» была приготовлена опытная партия лиофильно высушенного препарата. Эффективность опытного образца ассоциации «ВиО» была продемонстрирована при проведении сравнительных полевых испытаний с биопрепаратами «Биоойл-СН» и «Биоойл Югра» на территории Ямало-Ненецкого автономного округа на участках Пограничного нефтяного месторождения в период с июня по август 2008 г. В процессе работы были созданы благоприятные условия для роста и развития микроорганизмов за счет внесения минеральных и органических удобрений (мочевина), рыхления и полива.

Было установлено, что через 2 месяца после внесения ассоциации «ВиО» и минеральных удобрений в опытном участке степень очистки грунта от нефти составила 80%, по сравнению с участками обработанными биопрепаратами ЗАО «Биоойл» (50-70%). Следует отметить, что наибольшая скорость убыли нефти была выявлена на всех участках уже через 1 месяц, но при этом, максимальная скорость удаления нефти обнаружена на сайте, обработанном ассоциацией «ВиО». Таким образом, особенности композиции отобранной ассоциации «ВиО» дают очевидное преимущество в эффективности деградации углеводородов нефти уже на первых этапах очистки нефтезагрязненных сайтов.

Полученные результаты подтверждаются данными микробиологического анализа, демонстрирующими завершение экспоненциальной фазы роста микроорганизмов к концу первого месяца эксперимента. Так, до начала испытаний концентрация аборигенных почвенных нефтедеструкторов была низкой 5,2101 КОЕ/ г почвы, так как нефть негативно влияет на численность почвенных микроорганизмов при содержании нефтяных углеводородов более 10% от массы почвы. Однако, что после обработки биопрепаратами ЗАО «Биоойл» и микробным консорциумом «ВиО» численность углеводородокисляющих микроорганизмов увеличилась на 3 порядка, что способствовало интенсификации биодеградации нефти и подтверждено данными по определению остаточной концентрации нефти в почве (Рис.9).

Это связано, в первую очередь, с адаптацией биогеоценозов к нефтяному загрязнению, что приводит к перестройке ферментативного аппарата бактерий и повышению, таким образом, углеводородокисляющей способности почвы (Киреева и др., 2001).

Химическая токсичность нефти по Рис. 9. Изменение степени деструкции отношению к биологическим объектам не нефти в течение 2 месяцев.

всегда очевидна (Пиковский, 2003). Зачастую (серые столбцы – через 1 месяц, восстановление нефтезагрязненных почв темные столбцы – через 2 месяца) часто отслеживается по изменению концентрации загрязнителя в почве, убыль которого иногда не отражает снижение его токсичности для живых организмов.

Известно, что почва служит резервуаром, где загрязнения могут накапливаться в большом количестве в силу наличия адсорбирующей поверхности. Таким образом, почва может быть сильнозагрязненной, но не токсичной и, наоборот, слабозагрязненной, но сильнотоксичной для биологических объектов. Поэтому, целесообразно вести контроль за биоремедиацией не только по содержанию остаточных нефтепродуктов, но и по показателям токсичности (Knoke et al., 1999;

Phillips et al., 2000). Поэтому в наших полевых экспериментах проводилась визуальная оценка фитотоксичности и фотосъемка почвы через месяца, которая выявила больший прирост биомассы растений на участке, обработанном ассоциацией «ВиО» по сравнению биопрепаратами ЗАО «Биоойл». Таким образом, при проведении испытаний in situ наибольшая степень деградации нефти наблюдалась на участке, обработанном ассоциацией «ВиО».

Были получены положительные заключения ЗАО «Биоойл» и ООО «Газпромнефть-Ноябрьскнефтегаз» об эффективности деградации нефти ассоциацией «ВиО» в полевых испытаниях. Кроме того, эффективность деградации нефти и нефтепродуктов микробным консорциумом «ВиО» была продемонстрирована в лабораторных испытаниях ООО «Газпромнефть– Восток» и ООО «Сибнефть Восток».

7. Депонирование штаммов, изучение их патогенности, подготовка патентной заявки 7.1. Депонирование штаммов Штаммы микроорганизмов были депонированы в коллекции культур микроорганизмов Научно исследовательского института Государственного научного центра вирусологии и биотехнологии «Вектор» под следующими номерами: Acinetobacter baumanni 1B – В1075;

Acinetobacter baumanni 7 – В1073;

Rhodococcus erythropolis S26 - В1072;

Pseudomonas putida F701 - В1074.

Свидетельства о депонировании прилагаются.

7.2. Изучение патогенности микроорганизмов Штаммы, входящие в состав ассоциации «ВиО», прошли санитарно гигиеническую оценку в Отделе изучения и мониторинга зоонозных инфекций Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека ФГУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор». Ассоциация была испытана в соответствии с МУ Минздрава СССР №4263-67, №2620-82 и с учетом рекомендаций ВОЗ (Бюл.

ВОЗ 1981, №6, с.20-27) и не оказала отрицательного влияния на лабораторных животных.

7.3. Патентование ассоциации для очистки почв от загрязнений нефтью и нефтепродуктами Подана заявка на патент РФ №2010121688 «Способ получения сухой формы биопрепарата для очистки территорий от загрязнений нефтью и нефтепродуктами». Приоритет 27.05.2010.

Подготовлена патентная заявка в Российское агентство по патентам и товарным знакам на «Способ очистки водоемов и почв от нефти и нефтепродуктов ассоциацией плазмидосодержащих штаммов».

ВЫВОДЫ 1) Впервые показано, что наличие плазмид биодеградации ароматических углеводородов в штаммах-хозяевах приводит к увеличению биомассы плазмидосодержащих бактерий, степени деструкции нефти в жидкой минеральной среде и в почвенных микрокосмах по сравнению с их бесплазмидными вариантами.

Создана эффективная ассоциация «ВиО», состоящая из плазмидосодержащих 2) бактерий Rhodococcus erytropolis S26, Acinetobacter baumannii 1B, Pseudomonas putida F701, Acinetobacter baumannii 7, обладающих способностью к росту в широком диапазоне температур (4 – 42С) в присутствии высоких концентраций нефти (до 30%) при значениях рН от 4 до 10, синтезирующих биосурфактанты.

Сравнительные лабораторные испытания микробной ассоциации «ВиО» и 3) биопрепаратов «МикроБак», «Биоойл» в жидкой минеральной среде и в модельных почвенных системах, загрязненных нефтью или дизельным топливом, показали большую эффективность деградации этих поллютантов созданным консорциумом.

При проведении полевых испытаний на территории Пограничного нефтяного 4) месторождения Ямало-Ненецкого автономного округа в период июнь-август 2008 г. наибольшая степень деструкции нефти (80%) была выявлена на участке, обработанном ассоциацией «ВиО» по сравнению с биопрепаратами ЗАО «Биоойл» (60-70%).

Подана заявка на патент РФ №2010121688 «Способ получения сухой формы 5) биопрепарата для очистки территорий от загрязнений нефтью и нефтепродуктами». Приоритет 27.05.2010.

Работа была выполнена при поддержке грантов РФФИ 08-04-99019-р_офи, РФФИ 08-04-90028-Бел_а, РФФИ-06-04-96318, а также гос. контрактов РНП 2.1.1.612, РНП 02.740.11.0296, РНП 02.740.11.0040, РНП 2.1.1.7789, РНП 2.1.1.9290 и CRDF RUB2-010001 PU-05.

Список публикаций по теме диссертации 1. А.А. Ветрова, И.А. Нечаева, А.А. Игнатова, И.Ф. Пунтус, М.У. Аринбасаров, А. Е. Филонов, А.

М. Боронин. Влияние катаболических плазмид на физиологические параметры бактерий рода Pseudomonas и эффективность биодеструкции нефти. Микробиология, 2007, №3, с. 354-360.

2. А.А. Ветрова, А.А. Овчинникова, И.Ф. Пунтус, А. Е. Филонов, А. М. Боронин. Интенсификация биодеградации нефти плазмидосодержащими штаммами Pseudomonas в модельных почвенных системах. Биотехнология, 2009, №4, с. 82-90.

3. А.А. Ветрова, А.А. Овчинникова, А. Е. Филонов, И.Ф. Пунтус, А. М. Боронин Деструкция нефти бактериями рода Pseudomonas, содержащими различные плазмиды биодеградации. Известия ТулГУ. Серия Химия. 2008, Выпуск № 2, с. 186 –193.

4. А.А. Овчинникова, А.А. Ветрова, А. Е. Филонов, А. М. Боронин. Взаимодействие штаммов деструкторов полициклических ароматических углеводородов: колонизация корней и защита растений от токсического действия фенантрена. Известия ТулГУ. Серия Химия. 2008, Выпуск № 1, с. 211-220.

5. А.А. Овчинникова, А.А. Ветрова, А. Е. Филонов, А. М. Боронин. Биодеградация фенантрена и взаимодействие Pseudomonas putida BS3701 и Burkholderia sp. BS3702 в ризосфере растений.

Микробиология, №4, том 78, 2009, с.484-490.

6. Петриков К.В., Овчинникова А.А., Ветрова А.А., Филонов А.Е., Понаморева О.Н., Самойленко В.А, Якшина Т.В., Боронин А.М. СПОСОБ ПОЛУЧЕНИЯ СУХОЙ ФОРМЫ БИОПРЕПАРАТА ДЛЯ ОЧИСТКИ ТЕРРИТОРИЙ ОТ ЗАГРЯЗНЕНИЙ НЕФТЬЮ И НЕФТЕПРОДУКТАМИ. Заявка на патент Российской Федерации №2010121688. Приоритет 27.05.2010.

7. A. Filonov, I. Nechaeva, A. Vetrova, A. Ovchinnikova., A. Gafarov., I. Puntus., L. Akhmetov.

Psychrotrpphic Microorgsnisms and Catabolic Plasmids for Oil Spills Bioremediation. ISTC Workshop at the International Conference on Contamination Soil, ConSoil 2008. 3 – 6 June 2008, Milan, Italy, 2008, p.

61-69.

8. A. Filonov, A. Ovchinnikova, A. Vetrova, I. Nechaeva, I. Puntus., L. Akhmetov, V. Zabelin, A.

Boronin. Remediation of oil-spilled territories, using a biopreparation “MicroBac”, a consortium of plasmid bearing strains “V&O;” and associated plants. ISTC Workshop at the International Conference on Contamination Soil, ConSoil 2010. 21 – 25 September 2010, Salzburg, Austria, 2010, p. 222-223.

9. Ветрова А.А., Игнатова А.А., Ахметов Л.И., Пунтус И.Ф., Филонов А.Е. Исследование влияния катаболических плазмид на деградацию полициклических ароматических углеводородов // Сборник статей. Росийская школа-конференция молодых ученых «Экотоксикология-современные биоаналитические системы, методы и технологии» 28 октября-3 ноября 2006, Пущино, с. 54.

10. Ветрова А.А., Пырченкова И.А., Игнатова А.А., Филонов А.Е. Изучение влияния катаболических плазмид на физиологические параметры псевдомонад и эффективность биодеструкции нефти// Биология-наука 21 века. 10-я Пущинская школа-конференция молодых учёных. 17-21 апреля 2006 г., Пущино, с.360.

11. Ветрова А.А. Исследование влияния катаболических плазмид на эффективность биодеструкции углеводородов нефти псевдомонадами. Всероссийская молодежная школа-конференция «Современная биотехнология – защите окружающей среды». 12 сентября, 2006, Пущино.

12. Vetrova A.A., Ovchinnikova A.A., Filonov A.E., Boronin A.M. The influence of catabolic plasmids of Pseudomonas strains on oil destruction degree. Materials of the Forth International Conference on Science and Business, Pushchino, 15-18 October, 2007. P. 247-249.

13. Ветрова А.А. Повышение эффективности биодеградации углеводородов нефти путем переноса катаболических плазмид в бактериальные штаммы-деструкторы. Устный доклад на школе-семинаре «Современные наукоемкие технологии: от идеи к внедрению», Белгород, 29 октября по 4 ноября года.

14. Ветрова А.А., Овчинникова А.А., Филонов А.Е. Стимуляция биодеградации нефти плазмидосодержащими микроорганизмами рода Pseudomonas. Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов» 7 - 11 апреля, 2008.

15. Anna Vetrova, Anastasia Ovchinnikova. Influence of catabolic plasmids on the efficiency of crude oil hydrocarbons biodegradation by gram-negative bacteria. XII. Internetional Congress of Bacteriology and Applied Microbiology 5-9 August 2008, Istanbul. P 100.

16. Filonov A.E., Nechaeva I.A., Vetrova A.A., Ovchinnikova A.A., Vlasova E.P., Petrikov K.V., Gafarov A.B., Puntus I.F., Akhmetov L.I. Oil spill bioremediation in cold climates: development of biopreparations and their application. Icomid-2008. III International Conference on Microbial diversity. Perm. 28 September – 05 October 2008. P. 149 – 150.

17. Vetrova A.А, Ovchinnikova A.A, Filonov A.E, Boronin A.M. Increase of the efficiency remediation of oil soil by plasmid-bearing strains association. Fifth international conference «Science and Training for Biosafety», 6 – 9 October, 2008, Pushchino, P. 204 – 206.

18. Ветрова А.А., Овчинникова А.А., Филонов А.Е. Стимуляция биодеградации нефти ассоциацией плазмидосодержащих микроорганизмов-деструторов в лабораторных и полевых модельных почвенных системах. Генетика микроорганизмов и биотехнология. Международная школа – конференция, посвященная 40-летию создания ГосНИИгенетика. Москва – Пущино, 21-24 октября 2008г., стр. 28.

19. Ветрова А. А., Овчинникова А.А., Филонов А.Е. Интенсификация биодеградации нефти ассоциацией плазмидосодержащих штаммов в модльных почвенных системах. Биология-наука века. 12-я Пущинская конференция молодых учёных, Пущино, 10-14 ноября 2008г., стр. 199-200.

20. Nechaeva I.А., Vetrova A.А, Ovchinnikova A.A, Filonov A.E. Development of biopreparation for soil purification from oil pollution. Russian Young innovative convent, Moscow, 2008, p. 158 – 159.

21. Vetrova A.A., Ovchinnikova A.A., Filonov A.E., Boronin A.M. Oil polluted soil remediation by association of plasmid-bearing degrader strains. 3rd Congress of European microbiologists «Microbes and Man – Interdependence and Future Challenges» (Gothenburg, Sweden, June 28 – July 2, 2009).

22. Ветрова А.А., Овчинникова А.А. Ремедиация нефтезагрязненных почв и грунтов ассоциацией плазмидосодержащих штаммов. Международная научная конференция студентов, аспирантов и молодых ученых «Ломоносов» 13 - 18 апреля, 2009.

23. Ветрова А.А., Овчинникова А.А., Филонов А. Е., Боронин А. М. Ремедиация нефтезагрязненных почв ассоциацией плазмидосодержащих штаммов. Экотоксикология 2009. Современные биоаналитические системы, методы и технологии. 26-30 октября 2009г. Пущино-Тула с.112-113.

24. Ветрова А.А., Овчинникова А.А., Филонов А. Е. Ремедиация нефтезагрязненных почв ассоциацией плазмидосодержащих штаммов. Системная биология ПНЦ РАН апрель 2009г. Стр. 13 14.