авторефераты диссертаций БЕСПЛАТНАЯ  БИБЛИОТЕКА

АВТОРЕФЕРАТЫ КАНДИДАТСКИХ, ДОКТОРСКИХ ДИССЕРТАЦИЙ

<< ГЛАВНАЯ
АГРОИНЖЕНЕРИЯ
АСТРОНОМИЯ
БЕЗОПАСНОСТЬ
БИОЛОГИЯ
ЗЕМЛЯ
ИНФОРМАТИКА
ИСКУССТВОВЕДЕНИЕ
ИСТОРИЯ
КУЛЬТУРОЛОГИЯ
МАШИНОСТРОЕНИЕ
МЕДИЦИНА
МЕТАЛЛУРГИЯ
МЕХАНИКА
ПЕДАГОГИКА
ПОЛИТИКА
ПРИБОРОСТРОЕНИЕ
ПРОДОВОЛЬСТВИЕ
ПСИХОЛОГИЯ
РАДИОТЕХНИКА
СЕЛЬСКОЕ ХОЗЯЙСТВО
СОЦИОЛОГИЯ
СТРОИТЕЛЬСТВО
ТЕХНИЧЕСКИЕ НАУКИ
ТРАНСПОРТ
ФАРМАЦЕВТИКА
ФИЗИКА
ФИЗИОЛОГИЯ
ФИЛОЛОГИЯ
ФИЛОСОФИЯ
ХИМИЯ
ЭКОНОМИКА
ЭЛЕКТРОТЕХНИКА
ЭНЕРГЕТИКА
ЮРИСПРУДЕНЦИЯ
ЯЗЫКОЗНАНИЕ
РАЗНОЕ
КОНТАКТЫ


Светлана валерьевна характеристика нового семейства метил-днк связывающих белков, содержащих poz-домен и цинковые пальцы

на правах рукописи

УДК 577.3 Женило Светлана Валерьевна Характеристика нового семейства метил-ДНК связывающих белков, содержащих POZ-домен и цинковые пальцы 03.00.02. – биофизика автореферат диссертации на соискание ученой степени кандидата физико-математических наук

Москва 2006

Работа выполнена в МФТИ (Государственный университет), на кафедре молекулярной биофизике и в центре “Биоинженерия” РАН

Научный консультант:

кандидат биологических наук Прохорчук Егор Борисович

Официальные оппоненты:

доктор биологических наук, профессор, член-корреспондент РАН Разин Сергей Владимирович кандидат биологических наук Эльдаров Михаил Анатольевич

Ведущая организация:

Институт общей генетики РАН

Защита состоится 2006 г. в час. мин. на заседании диссертационного совета К 212.156.03 при Московском физико-техническом институте (141700, Московская обл., г. Долгопрудный, Институтский пер. 9, МФТИ).

С диссертацией можно ознакомиться в библиотеке МФТИ.

Автореферат разослан «» _ 2006 г.

Ученый секретарь диссертационного совета кандидат физико-математических наук В.Е. Брагин

Общая характеристика работы

Актуальность проблемы. Клетки многоклеточного организма генетически одинаковы, но в тоже время отличаются друг от друга, как структурно, так и функционально благодаря различной экспрессии генов. Многие отличия в экспрессии генов возникают в процессе развития организма и сохраняются во время митоза. Подобные стабильные изменения называются “эпигенетическими”, при наследовании таких изменений не возникают мутации последовательности ДНК. Исследования последних лет были нацелены на изучение двух молекулярных механизмов, которые лежат в основе эпигенетики: метилирования ДНК и модификации гистонов. Оба этих механизма являются критическими в раннем эмбриогенезе и гаметогенезе, для тканеспецифической экспрессии генов. Также эпигенетические механизмы защищают организм от вирусных геномов, которые могли бы направить работу клетки в своих целях. Нарушения в структуре хроматина могут привести к глобальным изменениям процесса развития организма, например, может быть нарушена инактивация Х-хромосомы, геномный импринтинг, могут развиваться различные заболевания.

Известно, что метилирование ДНК часто связано с подавлением транскрипции.

Метилирование промоторных участков вызывает сильное и наследуемое подавление транскрипции определенных генов (Bird A., Genes Dev, 2002). Понимание механизма метил-чувствительной репрессии пришло в связи с открытием белков, которые могут распознавать метилированую ДНК и подавлять транскрипцию. У позвоночных белки, содержащие метил-ДНК-связывающий домен (MBD домен), представляют большой класс белков (MBD1, MeCP2, MBD2, MBD3, MBD4), которые могут связываться с одиночными метилироваными CpG парами и которые участвуют во многих процессах: в контроле стабильности генома, раннем эмбриональном развитии, созревании нейронов, дифференцировке Т клеток и др. Но с другой стороны MBD белки не являются единственными, распознающими метилированую ДНК;

белок Kaiso взаимодействует с метилироваными CGCG с помощью трех цинковых пальцев, а не за счет MBD домена.

Кроме этого Kaiso может взаимодействовать и с неметилированой последовательностью TCCTGCNA (Daniel J.M. et al., Nucleic Acids Res, 2002). На данный момент возможно существование и других метил-ДНК связывающихся белков, так как по нашим данным в клеточных линиях, в которых отсутствуют MBD1, MBD2, Mecp2 и Kaiso по-прежнему наблюдаются белки с метил-специфической активностью.

Цель и задачи исследования. Основной целью данной диссертационной работы являлось определение новых метил-ДНК связывающих белков и их характеристика:

-используя поиск по базе данных найти гомологи метил-ДНК связывающего белка Kaiso -определить способность найденных белков связываться с метилированой ДНК in vitro и in vivo -выяснить являются ли найденные белки метил-ДНК-зависимыми репрессорами транскрипции, если являются, то определить домены данных белков, ответственных за репрессию -определить картину экспрессии найденных белков в различных тканях мыши и клеточных линиях.

Научная новизна и практическая ценность работы. Основной проблемой в области изучения метил-ДНК связывающих белков является тот факт, что при удалении гена dnmt 1, который поддерживает метилирование ДНК во время митоза, происходит значительное уменьшение метилированой ДНК и наступает смерть эмбриона в середине гестации. С другой стороны делеция известных метил-ДНК-связывающих белков (MBD2, MeCP2, Kaiso) не приводит к нарушениям в эмбриональном развитии. Это говорит о том, что возможно данные метил-ДНК связывающие белки взаимозаменяемы. С другой стороны, недавно была получена мышь, в которой путем генетического нокаута удалили гены этих трех метил-ДНК-связывающихся белков. Никаких аномалий при эмбриональном развитии такого животного не наблюдалось. Поэтому, вероятно, что данные белки являются не единственными белками, которые могут воспринимать метилированую ДНК. Данная работа направлена на поиски новых метил-ДНК связывающих белков, которые, возможно, помогут решить данную проблему;

и в работе были найдены два новых белка ZBTB4 и ZBTB38, гомологичных Kaiso, обладающих метил-ДНК связывающей активностью in vitro и in vivo.



Апробация работы. Результаты работы были представлены на 18-ой Международной конференции “Epigenetic bases of genome reprogramming” (Капри, Италия, 2005) и на межлабораторном семинаре, проведенном в центре “Биоинженерия” РАН первого ноября 2005 года.

Публикации. По материалам диссертации опубликованы тезисы доклада на одной конференции и одна статья в международном реферируемом журнале.

Объем и структура диссертации. Диссертация изложена настраницах, включаеттаблиц и _рисунков. Состоит из введения, обзора литературы, материалов и методов, результатов и их обсуждения, выводов, списка литературы, включающего источников.





Результаты исследования Два новых белка ZBTB4 и ZBTB38, гомологичных Kaiso, узнают метилированую ДНК in vitro. Используя в качестве основы для сравнения последовательность из аминокислот, включающей три цинковых пальца Kaiso был проведен поиск по базе данных NCBI, RefSeq проект (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/seq/HsBlast.html ). Были найдены два белка: ZBTB4 и ZBTB38. ZBTB4 - новый не охарактеризованный белок, а ZBTB38 – это человеческий аналог крысиного белка Zenon, который был получен из одногибридной системы при взаимодействии с промотором гена тирозин гидроксилазы (Kiefer H. et al., Mol. Cell Biol., 2005). Гомология между цинковыми пальцами Kaiso и ZBTB4 составляет 62%, а между Kaiso и ZBTB38 – 65% (рис.1).

А B гомологичные цинковые пальцы цинковые пальцы глутамин-богатый домен пролин-богатый домен Рис.1 ZBTB4 и ZBTB38 содержат цинковые пальцы, гомологичные Kaiso. А.

Выравнивание участка Kaiso, содержащего три цинковых пальца, с ZBTB4 и ZBTB38. Три цинковых пальца выделены. Аминокислоты, совпадающие у трёх белков, отмечены звездочками. В. Структура Kaiso, ZBTB4, ZBTB38. Белки выровнены по трем цинковым пальцам. BTB домен ZBTB4 содержит вставку.

Участок с наибольшей гомологией включает первые два цинковых пальца, третий цинковый палец наименее консервативен. Все три белка: Kaiso, ZBTB4, ZBTB38 – на N конце содержат POZ/BTB домен, хотя у ZBTB4 POZ/BTB домен прерывается аминокислотами, в основном серинами и аланинами. ZBTB4 и ZBTB38 в отличие от Kaiso включают в себя дополнительные цинковые пальцы на С-конце, а в ZBTB4 ещё присутствуют два пролин-богатых участка и один глутамин-богатый (Рис.1В).

Рис.2 Филогенетическое дерево для Kaiso, ZBTB4, ZBTB38 семейств.

При исследовании баз данных геномов позвоночных оказалось, что у всех организмов есть Kaiso и, по крайней мере, один из ZBTB4 или ZBTB38.

Филогенетическое дерево было построено на основании сравнения полноразмерных белков (Рис.2). Например, в геноме рыбы fugu rubripes был найден только ZBTB4, в то время как в другом виде рыб Danio rerio мы смогли обнаружить ZBTB38. Поскольку геномные проекты для некоторых организмов ещё не закончены (Bos Taurus, Canis Familiaris, Gallus gallus), то, возможно, что в этих организмах могут присутствовать дополнительные гены данных семейств.

А В KBS проба М- М+ конкурент конкурент C метилированая проба метилированая проба D конкурент конкурент метилированая проба метилированая проба Рис. 3 Цинковые пальцы Kaiso, ZBTB4, ZBTB38 были экспрессированы в кроличьих ретикулоцитных лизатах. Полученные белки инкубировали с меченой (А.метилированой или неметилированой пробой;

В. с пробой KBS) и разделяли полученные комплексы в 6% акриламидном геле. С. ZBTB4 связывает метилированую и полуметилированую ДНК. К комплексу цинковые пальцы ZBTB4 с метилированой пробой добавляли в качестве конкурента немеченую пробу указанной последовательности. D. Эксперимент выполнен как в пункте C, в качестве белка взяты цинковые пальцы ZBTB38.

Для проверки связывания найденных белков с метилированой ДНК были синтезированы in vitro цинковые пальцы ZBTB4 и ZBTB38, гомологичные цинковым пальцам Kaiso (поскольку именно данный домен отвечает у Kaiso за связывание с метилированой ДНК).

Затем методом задержки ДНК белковых комплексов в геле с неметилированой и метилированой CG-богатой пробой (длиной 161 пар нуклеотидов) было показано, что ZBTB4 и ZBTB38 связываются с метилированой пробой, но не с неметилированой, так же как и цинковые пальцы Kaiso (рис.3А). Поскольку цинковые пальцы Kaiso могут взаимодействовать не только с метилированой ДНК, но и с сайтом KBS (TCCTGCCA) (Daniel J.M et al, Nucleic Acids Res 2002), то было проверено: могут ли цинковые пальцы ZBTB4 и ZBTB38 также связываться с KBS сайтом;

в качестве контроля был взят мутированый сайт KBS (TCCCGCCA), с которым Kaiso не имеет сродства. В результате эксперимента по задержке подвижности в геле оказалось, что цинковые пальцы ZBTB4, как и Kaiso, обладают сродством не только к метилированой CG-богатой пробе, но и к KBS, в то время как ZBTB38 связался только с метилированой ДНК (рис.3В). Причем связывание ZBTB4 с KBS как видно на рисунке 3В с более низким сродством чем с метилированой пробой.

Таким образом, можно сделать вывод, что цинковые пальцы ZBTB4, также как и у Kaiso, могут связывать не только метилированую ДНК, но и последовательность TCCTGCCA, хотя и с меньшим сродством;

в то время как ZBTB38 не может взаимодействовать с KBS сайтом.

При более детальном исследовании взаимодействия ZBTB4 и ZBTB38 с метилированой ДНК было выяснено, что эти два белка не взаимодействуют как с неметилироваными олигонуклеотидами, так и с олигонуклеотидами, содержащими метилированые цитозины в следующих последовательностях mCpA и CpmCpTpGpG, где mC – метилированый цитозин. Стоит заметить, что если компетитором является олигонуклеотид с одним метилированым CpG, то и ZBTB4 и ZBTB38 связываются с ним (рис.3С, D).

Кроме этого ZBTB4 обладает аффиностью к полуметилированой ДНК, хотя и меньшей, чем к полностью метилированой ДНК. Данные результаты позволяют сделать вывод, что ZBTB4 и ZBTB38 связывают метилированые CpG пары, но не другие метилированые последовательности;

а также показывают различие между Kaiso и данными белками: для связывания Kaiso необходимы, по крайней мере, два метилированых CpG (Prokhortchouk A, Genes&Dev;, 2001), в то время как вновь открытым белкам достаточно одной метилированой CpG пары.

ZBTB4 и ZBTB38 связывают метилированую ДНК in vivo. Следующим этапом в характеристике данных белков является проверка, могут ли они связывать метилированую ДНК in vivo. Хорошую модельную систему для этого представляют импринтированые гены, в которых есть участок ДНК, который гипо- или гиперметилирован в зависимости от происхождения данного аллеля (то есть материнский он или отцовский). В таком качестве мы выбрали H19/IGF2 локус на 7-ой хромосоме мыши и область, называемую “дифференциально метилированый район” (DMR), который метилирован на отцовском аллеле и неметилирован на материнском аллеле в мозге мыши (Delaval K. & Feil R., Curr.

Opin. Genet. Dev, 2005). Сначала мы картировали точечный нуклеотидный полиморфизм (SNP) в выбранной области, которая имеет наибольшую плотность метилированых CpG.

paternal maternal Рис.4 Метил-специфичное связывание Kaiso, ZBTB4 и ZBTB38 c метилированым участком DMR локуса Igf2/H19. На диаграмме представлены два аллеля: материнский (Domesticus) и отцовский (Spretus ) с картированым сайтом HaeIII на материнском аллеле, закрашенные кружочки и не закрашенные представляют метилированые и неметилированые участки соответственно. Верхняя панель: хроматин иммунопреципитация с антителами, указанными на рисунке. Преиммунная сыворотка получена из животного, в котором получали антитела на ZBTB4, No Ab – иммунопреципитация проведена без добавления антител, No DNA –без ДНК, Input – нанесён 1% Input. ПЦР продукты были разделены в 1% агарозном 1xTBE геле. Нижняя панель: ДНК была выделена из агарозного геля (см. верхнюю панель) и рестрицирована HaeIII. Рестрицированые фрагменты были разделены в 1% 1xTBE агарозном геле.

Благодаря этому полиморфизму в линии мышей Domesticus появляется сайт рестрикции HaeIII, а в линии Spretus данный сайт отсутствует. Был выделен хроматин из мозга химерной мыши Sd7, у которой отцовская хромосома от Spretus мыши, а материнская от Domesticus мыши (Forne T. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A, 1997). Методом хроматин иммунопреципитации показано, что Kaiso, ZBTB4 и ZBTB38 связаны в основном с метилированым отцовским DMR участком, но не с неметелированым материнским (рис.4). В качестве контроля была использована контрольная иммунопреципитация с антителами к CTCF, который, как известно, связывается с неметилированым материнским аллелем.

Известно, что в ядрах мышиных клеток перицентромерные области различных хромосом агрегируют и образуют структуры, называемые хромоцентрами, содержащие большие и малые сателлитные повторы, которые метилированы. Эти структуры хорошо детектируются с помощью микроскопа, поскольку они хорошо окрашиваются специальным красителем DAPI. Так для MeCP2 и MBD1 было показано, что при трансфекции данные белки локализуются на хромоцентрах. У нас возник вопрос: будут ли ZBTB4 и ZBTB38 также находиться на хромоцентрах при экспрессии в мышиных клетках.

Для ответа на поставленный вопрос были получены конструкции, в которых клонированы полноразмерные кДНК ZBTB4 и ZBTB38 в одной рамке считывания с красным флуоресцентным белком mRFP1. С данными конструкциями была поставлена транзиторная трансфекция в мышиную линию клеток NIH3T3, и проведено иммунофлуоресцентное окрашивание антителами к данным белкам (рис.5А). В обоих случаях видно, что сигнал от данных белков, как флуоресценция от RFP, так и окрашивание антителами, совпадает с хромоцентрами, покрашенными DAPI. Следующий вопрос, который возник, достаточно ли Kaiso подобного домена “цинковые пальцы”, который, как показано выше, взаимодействует с метилированой ДНК, чтобы связываться с хромоцентрами. Используя цинковые пальцы ZBTB4, ZBTB38 в одной рамке считывания с mRFP1 мы показали, что эти белки колокализуются с хромоцентрами при трансфекции в те же клетки (рис.5В), то есть цинковых пальцев достаточно для того, чтобы эти белки локализовались в хромоцентрах. Для того чтобы понять, за счёт чего ZBTB4, ZBTB38 в клетках оказываются на хромоцентрах, а именно, влияет ли то, что ДНК в хромоцентрах метилирована на локализацию данных белков, были использованы клетки с нарушением метилирования. Это мышиные эмбриональные фибробласты, у которых удалён каталитический домен ДНК-метил трансферазы-1. В данных клетках значительно понижен уровень метилирования ДНК (но всё же остаточное метилирование присутствует благодаря de novo метилтрансферазам DNMT3a,3b).

Но, поскольку, удаление Dnmt-1 летально для клеток, так как клетки умирают по p53 зависимому пути (Jackson-Grusby et al., Nat. Genetics,2001), то мы использовали клетки, в которых отсутствуют и Dnmt-1 и p53 (клетки были любезно предоставлены профессором Бёрдом (Adrian Bird), которые жизнеспособны, в качестве контроля использовали мышиные эмбриональные фибробласты с удаленным геном p53.

A B Рис.5 ZBTB4 и ZBTB38 связываются с метилированой ДНК в клетках. А.RFP ZBTB4 и RFP-ZBTB28 были транзиторно трансфецированы в NIH3T3. Трансфецированые клетки были зафиксированы и окрашены либо преиммуной сывороткой (PI), либо антителами к данным белкам:

-ZBTB4 и -ZBTB38. Затем клетки были обработаны вторичными антителами, конъюгироваными с Alexa Fluor® 488, которые флуоресцируют в том же диапазоне, что и GFP. Сигнал после окрашивания антителами к ZBTB4 и ZBTB38 совпадает с флуоресценцией RFP и хромоцентрами, окрашенными DAPI. В.

Цинковые пальцы ZBTB4 и ZBTB38 достаточны для связывания с хромоцентрами. В клетки NIH3T3 были трансфецированы RFP-ZBTB4, RFP-ZBTB4 (ZF) –цинковые пальцы ZBTB4 c RFP, RFP-ZBTB38, RFP-ZBTB38 (ZF).

При трансфекции в контрольные клетки RFP-ZBTB4 и RFP-ZBTB38 эти белки были локализованы в хромоцентрах. При трансфекции в (dnmt1-/-,p53-/-) клетки ZBTB4 и ZBTB38 в 60% клеток оказываются распределенными диффузно по всему ядру и только в 30-40% клеток по-прежнему локализованы в хромоцентрах (рис.6).

I II I II А В 69% 31% 62% 38% Рис.6. А.RFP-ZBTB4 и В RFP-ZBTB38 были транзиторно трансфецированы в dnmt1-/,p53-/- клетки, в которых нарушено метилирование. Трансфецированые клетки были зафиксированы и окрашены DAPI. На рисунках А и В представлены по два типа клеток I тип клеток: ZBTB4 (А) и ZBTB38 (В) уходят с хромоцентров в клетках с нарушенным метилированием ДНК. II тип клеток, в которых и ZBTB4 (А) и ZBTB38 (В) по-прежнему остаются на хромоцентрах.

Аналогичная ситуация наблюдалась при трансфекции в эти же клетки другого метил-ДНК связывающего белка MeCP2. Возможно, что данные белки могут также узнавать саму структуру гетерохроматина, а не только статус метилирования ДНК. Тем не менее, данный эксперимент позволяет сделать вывод, что ZBTB4 и ZBTB38 связывается с метилированой сателлитной ДНК in vivo. И что метилирование необходимо и достаточно для локализации этих белков в хромоцентрах.

ZBTB4 и ZBTB38 являются метил-зависимыми репрессорами. Kaiso, как и некоторые другие белки с POZ/BTB доменом и цинковыми пальцами является репрессором транскрипции. Поэтому возник вопрос, являются ли найденные ZBTB4 и ZBTB38 метил ДНК зависимыми репрессорами. Для ответа на данный вопрос ZBTB4 и ZBTB38 были совместно экспрессированы в клетках млекопитающих с метилированым или неметилированым репортёрным геном. Чтобы избежать репрессии за счёт эндогенного MBD2 белка, были использованы клетки mbd2-/-. Метилированая репортёрная конструкция содержит ген люциферазы под контролем SV40 промотора и включает CpG пар и 11 CGCG кластеров.

Рис.7 ZBTB4 и ZBTB38 подавляют транскрипцию in vivo только на метилированых матрицах ДНК.

Конструкции, с которых экспрессировались белки, были совместно транзиторно трансфецированы с метилированой, либо неметилированой SV- репортёрной конструкцией. Относительная репортёрная активность рассчитывалась следующим образом: уровень экспрессии с метилированого репортёра/уровень экспрессии с неметилированого репортёра*100. На диаграмме приведены усредненные данные трёх экспериментов.

Уровень транскрипции с метилированого репортёрного гена в mbd2-/- клетках составляет около 25% от неметилированой конструкции. Экспрессия ZBTB4 приводит к падению уровня транскрипции с метилированой матрицы до 2%. Что касается ZBTB38, то данный белок, как оказалось, является более слабым репрессором, уровень репрессии составляет от 7% до 15%, что сравнимо с репрессионной способностью Kaiso (рис.7).

Kaiso-гомологичные ZF’s Рис.8 Цинковых пальцев ZBTB4 достаточно для метил-зависимой репрессии.

Эксперимент с ZBTB4 и различными делециями проведен также как и на рисунке 7.

Чтобы узнать, какой из доменов этих белков участвует в репрессии были получены различных конструкций для ZBTB4 и две для ZBTB38. Проверив данные конструкции, получилось, что в случае ZBTB4 для репрессии необходим участок, содержащий цинковые пальцы, которые взаимодействуют с метилированой ДНК (рис.8 конструкция 5). BTB домен и С-концевые цинковые пальцы не оказывают влияние на уровень экспрессии (конструкция 1, 4). При удалении участка с метил-ДНК связывающими пальцами, получившийся белок менял свою внутриклеточную локализацию из ядра в цитоплазму, поэтому мы присоединили к данному белку сигнал ядерной локализации, который был обнаружен у Kaiso, и белок, благодаря этому сигналу, транспортировался в ядро. Тем не менее, полученный таким образом белок не мог репрессировать транскрипцию с метилированой репортёрной конструкции.

Что же касается ZBTB38, то для того, чтобы этот белок мог проявить репрессионную способность, необходимы не только цинковые пальцы, которые связываются с метилированой ДНК, но и N-концевой BTB домен (рис.9), С-концевые цинковые пальцы практически не оказывают влияние на репрессионную способность белка.

Kaiso-гомологичные ZF’s Рис.9 Для метил-зависимой репрессии ZBTB38 необходимы как цинковые пальцы, так и BTB/POZ домен. Эксперимент с ZBTB38 и делециями проведен также как и на рисунке 7.

Картина экспрессии ZBTB4 и ZBTB38. Далее была исследована картина экспрессии ZBTB4 и ZBTB38 с помощью нозерн блот гибридизации и РТ-ПЦР. Эти эксперименты показали, что во взрослом организме соответствующие мРНК экспрессируются во всех протестированных тканях, хотя и на разном уровне (рис.10). Экспрессия ZBTB38 была исследована ранее в статье Sasai N. et al., Genes to Cells, 2005 и совпала с нашими данными РТ-ПЦР.

А Рис.10 ZBTB4 экспрессируется во всех протестированных тканях и органах на разном уровне. А. нозерн блот гибридизация с РНК из различных органов, на каждую дорожку нанесено по 2 мкг РНК;

верхняя панель: блот был сгибридизован с полноразмерной кДНК ZBTB4;

нижняя панель: блот гибридизовали с кДНК GAPDH В. РТ-ПЦР на РНК, выделенной из различных органов и эмбрионов. Уровень экспрессии ZBTB4 определяли с помощью РТ-ПЦР и нормализовали по сигналу от Rps29 транскрипта.

Выводы.

- 1. Найдены два новых гомолога Kaiso: ZBTB4 и ZBTB38, у которых гомологичны три цинковые пальца и N-концевые BTB/POZ домены.

- 2. Показано, что ZBTB4 и ZBTB38 связываются с метилированой ДНК in vitro, причем для связывания достаточно одного метилированого CpG;

кроме этого ZBTB4 имеет сродство и к неметилированому KBS сайту, также как и Kaiso.

- 3. Показано, что ZBTB4 и ZBTB38 связываются с метилированой ДНК in vivo.

Данные белки привлекаются к метилированым хромоцентрам и взаимодействуют с метилированым DMR локуса H19/IGF2;

при отсутствии метилирования в клетках dnmt1-/- данные белки уже не связываются с хромоцентрами.

- 4. Показано, что ZBTB4 и ZBTB38 являются метилчувствительными репрессорами, причем для эффективной репрессии ZBTB4 достаточно трех цинковых пальцев, в то время как для ZBTB38 необходимы как цинковые пальцы, так и BTB/POZ домен. ZBTB4 является более сильным репрессором, чем ZBTB38.

- 5. Установлено, что ZBTB4 и ZBTB38 экспрессируются во всех протестированных органах и тканях, хотя и на разном уровне.

Список публикаций 1) FilionG., Zhenilo S., Salozhin S., Yamada D., Prokhortchouk E. and Defossez P-A. A family of human zinc finger proteins that bind methylated DNA and repress transcription.

Molecular and Cellular Biology, 2006, Vol. 26 (1), 169-81.

2) Zhenilo S., Filion G., Salozhin S., Defossez P-A., Prokhorthcouk E. A family of Kaiso like proteins that bind methylated DNA and repress transcription. Eighteen IGB meeting, Epigenetic Bases Of Genome Reprogramming, Capri, Italy, 8-11 October, 2005, p. Женило Светлана Валерьевна Характеристика нового семейства метил-ДНК связывающих белков, содержащих POZ-домен и цинковые пальцы подписано в печать 26.01.2006. Формат 60*84/16. Печать офсетная.

усл. печ. л.1,0. Тираж 70экз.Заказ ф-012.

Государственное образовательное учреждение Высшего профессионального образования Московский физико-технический институт (государственный университет) Отдел автоматизированных издательских систем “ФИЗТЕХ ПОЛИГРАФ” 141700, Московская обл., г. Долгопрудный, Институтский пер.,

 

Похожие работы:


 
2013 www.netess.ru - «Бесплатная библиотека авторефератов кандидатских и докторских диссертаций»

Материалы этого сайта размещены для ознакомления, все права принадлежат их авторам.
Если Вы не согласны с тем, что Ваш материал размещён на этом сайте, пожалуйста, напишите нам, мы в течении 1-2 рабочих дней удалим его.