Агрегация белков, индуцируемая амфифильными пептидами
На правах рукописи
Артемова Наталья Валерьевна
АГРЕГАЦИЯ БЕЛКОВ, ИНДУЦИРУЕМАЯ АМФИФИЛЬНЫМИ
ПЕПТИДАМИ
специальность 03.01.04 – биохимия
АВТОРЕФЕРАТ
диссертации на соискание ученой степени
кандидата биологических наук
Москва 2011
Работа выполнена в лаборатории молекулярной организации
биологических структур Учреждения Российской академии наук Института биохимии им. А.Н. Баха РАН
Научный руководитель: доктор биологических наук Б.Я. Гурвиц
Официальные оппоненты: доктор биологических наук, профессор С.С. Шишкин кандидат биологических наук Л.Е. Мешалкина
Ведущая организация: Учреждение Российской академии наук Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН
Защита состоится «19» мая 2011 г. в 14 часов на заседании диссертационного совета Д 002.247.01 при Учреждении Российской академии наук Институте биохимии им. А.Н. Баха РАН по адресу: 119071, Москва, Ленинский проспект, д. 33, корп. 2.
С диссертацией можно ознакомиться в Библиотеке биологической литературы РАН по адресу: 119071, Москва, Ленинский проспект, д. 33, корп. 2.
Автореферат разослан «11» мая 2011 г.
Ученый секретарь диссертационного совета, кандидат биологических наук А.Ф. Орловский
ОБЩАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА РАБОТЫ
Актуальность проблемы. Исследование механизмов ассоциации и агрегации белков представляет собой одно из фундаментальных направлений современной биологии. Известно, что в результате неправильного фолдинга (мисфолдинга) в ответ на мутации, посттрансляционные модификации или изменения локальных условий (тепловой, осмотический и окислительный стрессы, облучение ультрафиолетом, критическое изменение рН) белковые молекулы могут претерпевать трансформацию вторичной и третичной структур. Подобные изменения приводят к образованию как аморфных, так и высокоструктурированных фибриллоподобных агрегатов. Проблемы, связанные с неправильным фолдингом, являются весьма актуальными при решении медицинских и биотехнологических задач при производстве рекомбинантных белков и продуктов питания [Chiti and Dobson, 2006;
Chen et al., 2006;
Mahmoudi et al., 2007].
В последнее десятилетие накоплены многочисленные данные, открывающие новые аспекты проблемы формирования пространственной структуры белка. Выявлено множество белков и пептидов, которые при определенных условиях, вызывающих конформационные изменения, проявляют способность к образованию надмолекулярных структур, различающихся по форме и размерам. В настоящее время развивается концепция о том, что способность белков и пептидов к формированию амилоидоподобных структур является универсальным свойством полипептидных цепей и значительно более распространенным явлением в живой системе, чем предполагалось ранее [Stefani and Dobson, 2003;
Kelly and Balch, 2003;
Zhang, 2003;
Dobson, 2004;
Stefani, 2004;
Gebbink et al., 2005;
Gazit, 2005;
Ellis-Behnke et al., 2006;
Krebs et al., 2007]. В этой связи весьма актуальным представляется поиск агентов, индуцирующих агрегацию белков и участвующих в формировании определенных надмолекулярных структур с заданными свойствами.
Достаточно хорошо изучена защитная роль молекулярных шаперонов по отношению к белкам, утратившим нативную конформацию при стрессорных воздействиях различного характера. Все известные в настоящее время шапероноподобные белки характеризуются общими свойствами: они имеют гидрофобные домены, способные взаимодействовать с определенными интермедиатами фолдинга белковых субстратов, предотвращая их агрегацию.
Однако наряду с гидрофобными взаимодействиями в образовании агрегатов участвуют химические связи, аналогичные тем, которые стабилизируют белковую глобулу силы, (вандерваальсовы электростатические взаимодействия, водородные связи и др.), что необходимо учитывать при изучении молекулярных механизмов агрегатообразования. На процессы агрегации могут влиять и низкомолекулярные соединения как биологического, так и небиологического происхождения. В качестве таких соединений могут выступать аминокислоты, пептиды, полиамины, полифенолы, углеводы, ионы металлов [Uversky et al., 2001;
Kudou et al., 2003;
Antony et al., 2003;
Bouma et al., 2003;
Shalova et al., 2005;
Gibson and Murphy, 2006;
Chakraborty and Basak, 2008;
Ladiwala et al., 2011;
Chen et al., 2011].
Как правило, изучение влияния подобных лигандов на процесс агрегации было связано с поиском шапероноподобных агентов, подавляющих процессы агрегации. В настоящее время практически отсутствуют данные о функционировании лигандов, которые обладают способностью индуцировать процессы агрегации и образования различных надмолекулярных структур.
Модельные амфифильные пептиды могут служить инструментом для изучения участия низкомолекулярных соединений, проявляющих как гидрофобные, так и гидрофильные свойства, в процессах агрегации и трансформации агрегатов. Исследования молекулярных механизмов взаимодействия пептидов с нативными или развернутыми в денатурирующих условиях белками и образования надмолекулярных структур становятся особенно актуальными.
Цели и задачи работы. Целью настоящей работы является изучение молекулярных механизмов пептид-индуцируемой агрегации нативных и денатурированных модельных белковых субстратов в различных условиях. В соответствии с этой целью были поставлены следующие задачи:
С использованием методов динамического лазерного 1.
светорассеяния (ДЛС), турбидиметрии и флуориметрии исследовать кинетику агрегации нативной дрожжевой алкогольдегидрогеназы (АДГ) в присутствии амфифильных пептидов Arg-Phe, Asp-Phe и Glu-Val-Phe в сравнении с ее термоиндуцированной агрегацией. Исследовать кинетику индуцированной дитиотреитолом (ДТТ) агрегации -лактальбумина коровьего молока и лизоцима куриного яйца в отсутствие или в присутствии пептидов Arg-Phe и Asp-Phe соответственно.
Методами электронной и атомно-силовой микроскопии провести 2.
сравнительный анализ структурных особенностей агрегатов -лактальбумина и лизоцима, образовавшихся в отсутствие или в присутствии пептидов.
Исследовать влияние на агрегацию АДГ и -лактальбумина 3.
амфифильных опиоидных пептидов: геморфина-6 (Tyr-Pro-Trp-Thr-Gln-Arg) и рубисколина-5 (Tyr-Pro-Leu-Asp-Leu), а также экзорфина С (Tyr-Pro-Ile-Ser-Leu) и других гидрофобных пептидов, структура которых не содержит заряженных аминокислотных остатков.
Научная новизна. На примере взаимодействия нативного модельного белка, дрожжевой АДГ, с пептидами Arg-Phe и Asp-Phe обнаружен феномен агрегации белков, индуцируемой амфифильными лигандами. Показано также, что агрегация частично денатурированных белков может индуцироваться пептидами в условиях, при которых белки в отсутствие лигандов не агрегируют (на примере -лактальбумина, подвергнутого воздействию ДТТ).
С помощью электронной и атомно-силовой микроскопии показано, что при агрегации -лактальбумина и лизоцима, индуцированной под действием противоположно заряженных пептидов Arg-Phe и Asp-Phe соответственно, происходит образование надмолекулярных структур, состоящих из глобулярных частиц диаметром 2 – 5 нм, способных выстраиваться в нитевидные цепочки длиной около 200 нм. В отсутствие пептидов наблюдалось формирование лишь аморфных агрегатов (20 – 50 нм).
Продемонстрировано торможение лиганд-индуцированной агрегации белков в присутствии шапероноподобного белка -кристаллина, а также аргинина.
Практическая значимость работы. Полученные данные, затрагивающие молекулярные механизмы агрегации белков, индуцируемой амфифильными низкомолекулярными пептидами, могут быть использованы при разработке эффективных добавок с целью оптимизации процесса фолдинга рекомбинантных белков. Возможно применение коротких амфифильных пептидов для формирования белковых наноструктур с заданными свойствами, что актуально при решении биотехнологических и медицинских задач.
Особый интерес вызывает разработка эффективных средств направленной доставки лекарственных средств и продуктов питания с использованием наночастиц, сформированных из белковых или пептидных ассоциатов [Zhang, 2003;
Rajagopal and Schneider, 2004;
Cherny and Gazit, 2008;
Jahanshahi and Babaei, 2008].
Связь работы с государственными программами. Работа поддержана программой Президиума Российской академии наук и клеточная биология» и Российским фондом «Молекулярная фундаментальных исследований (грант 08-04-00666-а), а также ФЦП "Научные и научно-педагогические кадры инновационной России" на 2009 – 2013 годы (государственный контракт № 02.740.11.0765 от 12 апреля 2010 г.).
Апробация работы. Основные результаты работы были представлены на V съезде общества биотехнологов России им. Ю.А. Овчинникова, Москва, 2008;
Международной научной конференции по биоорганической химии, биотехнологии и бионанотехнологии, посвященной 75-летию со дня рождения академика Ю.А. Овчинникова, Москва-Пущино, 2009;
IV Российском симпозиуме «Белки и пептиды», Казань, 2009;
The EMBO meeting «Advancing the life sciences», Барселона (Испания), 2010;
ХХII зимней молодежной научной школе «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии», Москва, 2010 (устный доклад);
XXIII Российской конференции по электронной микроскопии, Черноголовка, 2010.
Публикации. По материалам диссертационной работы опубликовано печатных работ, в том числе 3 статьи в рецензируемых международных научных журналах.
Структура и объем работы. Диссертационная работа состоит из введения, обзора литературы, описания материалов и методов исследования, результатов и их обсуждения и списка литературы (324 наименования).
Работа изложена на 145 страницах машинописного текста, содержит рисунков и 1 таблицу.
СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ
Материалы и методы. В работе использовали -лактальбумин коровьего молока, лизоцим белка куриного яйца, дрожжевую алкогольдегидрогеназу, пептиды и монохлорид, ДТТ, Arg-Phe Glu-Val-Phe, L-аргинин этиленгликольтетраацетат (ЭГТА), тиофлавин Т (ThT), 4,4'-дианилин -1,1' динафталин-5,5'-дисульфоновая кислота (bis-ANS) фирмы Sigma (США), пептид Asp-Phe фирмы Aldrich (США), восстановленный глютатион и Tris фирмы ICN Biomedicals, метионин- и лейцин-энкефалин фирмы Serva.
Использовали воду, деионизованную с помощью системы Easy-Pure II RF фирмы Barnstead (США). -Кристаллин был выделен и любезно предоставлен к.б.н. К.О. Мурановым (Институт биохимической физики им. Н.М. Эмануэля).
Пептиды геморфин-6 из гемоглобина быка, рубисколин-5 из рибулозобифосфат-карбоксилазы/оксигеназы шпината, экзорфин С из пшеницы, казоморфин и эндоморфин 1 и 2 были любезно предоставлены проф. Дубыниным В.А. (Московский Государственный Университет им. М.В.
Ломоносова).
Измерения кинетики агрегации белков методом ДЛС проводили на установке Photocor Complex (Photocor Instruments Inc., США) с He-Ne лазером (Coherent, США, Model 31-2082, 632,8 нм, 10 мВ) в качестве источника света.
Выбор данного метода обусловлен тем, что его применение позволяет регистрировать не только интенсивность светорассеяния, но и размеры частиц, образующихся в процессе агрегации. Автокорреляционные функции измеряли с помощью Photocor-FC в режиме multiple-tau с использованием каналов и логарифмической шкалы времени. Обработку автокорреляционных функций и расчёт размеров гидродинамического радиуса (Rh) проводили при помощи программы DynaLS (Alango, Израиль).
Спектры триптофановой флуоресценции, а также флуоресценцию ThТ и bis-ANS регистрировали на флуоресцентном спектрофотометре Cary Eclipse (Varian, США). Раствор белка в буфере помещали в кварцевую кювету 11 см.
Электронно-микроскопические исследования проводили на микроскопе JEOL JEM-100CX (Япония) при 80 kV и номинальном увеличении 33000.
Образцы фотографировали на негативную пленку Kodak Camera EL.
Микроскопию и обработку электронных микрофотографий проводили в сотрудничестве с к.б.н. В.А. Штейн-Марголиной. Атомно-силовую микроскопию (АСМ) проводили на сканирующем зондовом микроскопе SmartSPM фирмы ООО «АИСТ–НТ». Микроскопию и обработку электронных микрофотографий проводили в сотрудничестве с ведущим инженером А.В.
Беляевым.
РЕЗУЛЬТАТЫ И ИХ ОБСУЖДЕНИЕ 1. Агрегация алкогольдегидрогеназы, индуцируемая амфифильными пептидами Arg-Phe и Asp-Phe Дрожжевая АДГ представляет собой белок, состоящий из 4-х субъединиц с молекулярной массой 36,7 кДа. Молекула белка содержит примерно одинаковое количество положительно и отрицательно заряженных аминокислотных остатков (pI = 5 – 6). Данный белок является удобной моделью для изучения влияния различных амфифильных пептидов на процесс агрегации. Термоагрегация АДГ была изучена методом ДЛС в 20 мM Tris-HCl буфере, pH 6.8, при различных температурах.
Анализ процесса агрегации показал, что при повышении температуры происходит увеличение скорости агрегации, о чем свидетельствует значительный рост интенсивности светорассеяния (I) во времени (Рис. 1А, кривые 1 и 2). Увеличение величины гидродинамического радиуса (Rh) агрегатов во времени коррелировало с кинетическими кривыми интенсивности светорассеяния (Рис. 1Б). При температурах ниже 39 оС агрегация АДГ не наблюдалась (кривые 3 и 4).
Рис. 1. Зависимости интенсивности светорассеяния (I) (А) и значений гидродинамического радиуса (Rh) (Б) от времени, полученные при агрегации АДГ (0, мг/мл) при температурах 42 (1), 40 (2), 39 (3) или 38 (4) оС.
При изучении агрегации АДГ в присутствии Arg-Phe при различных температурах был получен удивительный результат.
Рис. 2. Зависимости интенсивности светорассеяния (I) (А) и значений гидродинамического радиуса (Rh) (Б) от времени, полученные при агрегации АДГ (0, мг/мл) в присутствии Arg-Phe (1 мМ) при температурах 38 (1), 39 (2), 40 (3) или 42 (4) оС.
При повышении температуры от 38 до 42 оС значения интенсивности светорассеяния и Rh уменьшались, т. е. действие дипептида проявлялось в большей степени при температурах 38 – 39 оС (Рис. 2, кривые 1 и 2) и было незначительным при более высоких температурах (кривые 3 и 4).
Рис. 3. Зависимости интенсивности светорассеяния (I) (А) и значений гидродинамического радиуса (Rh) (Б) от времени, полученные при агрегации АДГ (0, мг/мл) при 39 oC в отсутствие (1) или в присутствии Arg-Phe в концентрациях 0,01 (2), 0, (3), 0,5 (4) или 1 (5) мМ.
Добавление Arg-Phe в инкубационную среду индуцировало агрегацию АДГ в условиях, при которых индивидуальный белок не агрегировал (Рис. 3, кривая 1). Данный эффект усиливался при повышении концентрации пептида в смеси (кривые 2 – 5).
Рис. 4. Зависимости интенсивности светорассеяния (I) и значений гидродинамического радиуса (Rh) (вставки) от времени, полученные при агрегации АДГ (0,15 мг/мл) в присутствии Arg-Phe (1 мМ) при температурах 25 (А) или 39 оС (Б). Arg-Phe был добавлен в реакционную смесь в начальный момент инкубации (А) или через 35 минут после ее начала (показано стрелками) (Б).
Было обнаружено, что в присутствии Arg-Phe агрегация АДГ происходит даже при 25 оС (Рис. 4А). Данный эффект наблюдался и при добавлении пептида в инкубационную смесь через некоторое время после начала инкубации (Рис. 4Б).
Аналогичный результат был получен при исследовании действия отрицательно заряженного дипептида Asp-Phe на агрегацию АДГ. Было показано, что при добавлении в инкубационную смесь этого дипептида агрегация АДГ индуцировалась в условиях, при которых индивидуальный белок не агрегировал. Продемонстрировано концентрационно-зависимое действие Asp-Phe (Рис. 5).
Рис. 5. Зависимости интенсивности светорассеяния (I) (А) и значений гидродинамического радиуса (Rh) (Б) от времени, полученные при агрегации АДГ (0, мг/мл) в отсутствие (1) или в присутствии дипептида Asp-Phe в концентрациях 0,5 (2), 0,75 (3) или 1 (4) мМ при температуре 39 оС.
Таким образом, с использованием двух модельных амфифильных пептидов (положительно заряженного Arg-Phe и отрицательно заряженного Asp-Phe) была продемонстрирована лиганд-индуцируемая агрегация модельного белкового субстрата АДГ.
2. Агрегация -лактальбумина, индуцируемая амфифильным пептидом Arg-Phe -Лактальбумин является небольшим кислым Ca2+-связывающим белком молока (14,2 кДа, рI = 4 – 5). Трёхмерная конформация полипептидной цепи поддерживается 4-мя дисульфидными связями.
Кинетику агрегации -лактальбумина в 50 мM Nа-фосфатном буфере, pH 7.0, содержащем 0,15 M NaCl, 1 мМ ЭГТА и 20 мМ ДТТ, при 25 °C регистрировали методом ДЛС. Анализ процесса агрегации показал, что добавление дипептида в инкубационную смесь вызывало агрегацию -лактальбумина в условиях, при которых данный белок в отсутствие пептида не агрегировал (Рис. 6). В отсутствие пептида агрегация -лактальбумина не наблюдалась на протяжении длительного периода времени (Рис. 6А, Б, кривые 1). Однако добавление в инкубационную смесь дипептида индуцировало агрегацию белка концентрационно-зависимым образом (кривые 2 и 3).
Рис. 6. Зависимости интенсивности светорассеяния (I) (А) и значений гидродинамического радиуса (Rh) (Б) от времени, полученные при агрегации -лактальбумина (0,4 мг/мл) при 25 оС в отсутствие (1) или присутствии Arg-Phe в концентрациях 0,5 (2) и 1 (3) мМ.
Было изучено также влияние на кинетику агрегации Arg-Phe -лактальбумина в аналогичных условиях, но при большей концентрации белка и при 37 оС. Анализ процесса агрегации показал, что добавление дипептида приводит к быстрой агрегации, регистрируемой по уменьшению длительности лаг-периода и резкому приросту интенсивности светорассеяния (I) и значений гидродинамического радиуса агрегатов (Rh) (Рис. 7А и Б, кривые 2).
Рис. 7. Зависимости интенсивности светорассеяния (I) (А) и значений гидродинамического радиуса (Rh) (Б) от времени, полученные при агрегации -лактальбумина (1 мг/мл) при 37 оС в отсутствие (1) или присутствии Arg-Phe (1 мМ) (2).
В присутствии дипептида показано образование частиц с большим, по сравнению с контролем, гидродинамическим радиусом, что может свидетельствовать об ускорении слипания взаимодействующих частиц вследствие включения в них молекул дипептида. Возможно, пептид способствует формированию крупных агрегатов, играя роль связующего звена между частицами малого размера, образующимися на начальных этапах процесса агрегации.
С помощью регистрации интенсивности светорассеяния при 350 нм во времени продемонстрировано концентрационно-зависимое действие пептида Arg-Phe на агрегацию -лактальбумина (Рис. 8).
Рис. 8. Зависимости интенсивности светорас сеяния при 350 нм, полученные при агрегации -лактальбумина (1 мг/мл) при 37 оС в отсутствие (1) или в присутствии Arg-Phe в концентрациях (2), 10 (3) или 20 (4) мМ.
При концентрации Arg-Phe 20 мМ (Рис. 8, кривая 4) по истечении 35 мин инкубации интенсивность светорассеяния падает, что связано с образованием крупных агрегатов -лактальбумина и их преципитацией.
Вероятно, агрегация -лактальбумина, наблюдаемая в присутствии Arg-Phe, может быть результатом включения последнего в белковые агрегаты вследствие электростатического взаимодействия между положительно заряженными остатками аргинина дипептида и отрицательно заряженными аминокислотными остатками аспарагиновой и глютаминовой кислот -лактальбумина, которые в растворе экспонированы наружу. В молекуле -лактальбумина содержится 13 остатков аспарагиновой и 7 остатков глютаминовой кислот. Используемое в данном эксперименте молярное стехиометрическое соотношение концентраций пептид : белок, превышающее 20 : 1, коррелирует с этими данными.
Чтобы выявить участие электростатических взаимодействий в проявлении действия пептида был проведен ряд дополнительных экспериментов. В первую очередь, был исследован эффект снижения рН среды на процесс агрегации. Результаты этой серии опытов с использованием титрования рН от 5.0 до 7.0 показали, что при рН 5.5, когда отрицательно заряженные аминокислотные остатки подвергаются протонированию, эффект дипептида не проявляется. Было также изучено влияние отрицательно заряженных пептидов Asp-Phe и Glu-Val-Phe на агрегацию -лактальбумина. При концентрации каждого из пептидов 1 мМ увеличения скорости агрегации не наблюдали (результаты не показаны).
Наряду с ДТТ, в качестве восстанавливающего S-S-связи агента нами также был использован биологически присущий живой системе глутатион.
Процесс агрегации индуцировался добавлением глутатиона или ДТТ в конечной концентрации 100 или 20 мМ соответственно.
Рис. 9. Зависимости интенсивности светорас сеяния при 350 нм от времени, полученные при индуцированной глутатионом мМ) ( агрегации -лактальбумина (1 мг/мл) в отсутствие (1) или в присутствии Arg-Phe (1 мМ) (2) при 37 оС.
Показано, что лаг-период на кинетической кривой агрегации -лактальбумина, индуцированной глутатионом, значительно более продолжительный по сравнению с действием ДТТ, однако, выраженный эффект дипептида проявляется и в этом случае (Рис. 9, кривая 2).
2.1. Исследование агрегации -лактальбумина в присутствии дипептида Arg-Phe с использованием флуоресцентных меток Для анализа гидрофобных свойств агрегатов -лактальбумина и его комплексов с пептидом мы использовали флуоресцентный краситель bis-ANS.
В водных растворах bis-ANS практически не флуоресцирует, однако, при попадании зонда в гидрофобное окружение его флуоресценция резко возрастает. Это свойство bis-ANS широко используется для изучения гидрофобных свойств различных белков.
Известно, что при денатурации гидрофобные сайты экспонируются на поверхности молекулы, что вызывает агрегацию белка. Очевидно, именно с такими участками связываются молекулы bis-ANS, которые при агрегации белка оказываются в гидрофобных «карманах», что вызывает увеличение интенсивности флуоресценции зонда (Рис. 10, кривая 1). Данный результат хорошо коррелирует с уровнем светорассеяния (вставка, кривая 1). Однако в присутствии дипептида выход флуоресценции bis-ANS значительно выше по сравнению с контролем (Рис. 10, кривые 2).
Возможно, пептид, связываясь с белком в результате электростатических взаимодействий между аргинином и отрицательно заряженными остатками -лактальбумина, вызывает снижение суммарного заряда белковой глобулы и увеличивает гидрофобную поверхность за счет остатков фенилаланина.
Рис. Зависимости флуоресценции 10.
гидрофобного зонда bis-ANS (5 мкМ) и светорассеяния при нм 350 (вставка), полученные при агрегации -лактальбумина (0, мг/мл) в отсутствие (1) или в присутствии Arg-Phe (1 мМ) (2) при 37 оС.
Для того, чтобы получить дополнительную информацию о механизме агрегации -лактальбумина в присутствии Arg-Phe и его влиянии на структуру агрегатов, мы провели эксперимент с использованием флуоресцентного зонда ThT, который часто используется для выявления амилоидоподобных структур. Этот зонд обладает сложной ароматической структурой, в которой одна половина молекулы способна вращаться относительно другой. Попадая между двумя -складками, ThT стабилизируется в плоской конформации, в результате чего наступает резонанс между двумя частями молекулы, сопровождающийся значительным повышением квантового выхода флуоресценции.
Рис. 11. Спектры флуоресценции тиофлавина Т (5 мкМ), полученные при агрегации -лактальбумина в концентрациях 0,4 мг/мл (при 37 оС) (А) или 1 мг/мл (при 25 оС) (Б) в отсутствие (1, 3) или присутствии дипептида Arg-Phe (1 мМ) (2, 4).
В присутствии дипептида наблюдается увеличение интенсивности флуоресценции ThT (Рис. 11А, кривая 2). Однако в данном эксперименте -лактальбумин агрегирует и в отсутствие пептида (кривая 1). Поэтому были выбраны условия, в которых -лактальбумин не агрегирует (Рис. 11Б). В этом случае в присутствии дипептида также наблюдалось увеличение интенсивности флуоресценции ThT (кривая 4) по сравнению с контролем (кривая 3). Однако образование классических амилоидных структур в условиях нашего эксперимента маловероятно. Как правило, на сборку подобных структур в системах in vitro требуется длительное время инкубации (иногда несколько суток) в особых условиях. В данном эксперименте прирост флуоресценции ThT наблюдается непосредственно в процессе агрегации -лактальбумина в присутствии Arg-Phe в течение нескольких десятков минут.
ThT способен связываться не только с амилоидными структурами, но и с аморфными агрегатами, обладающими большим количеством -складчатых структур. Возможно, Arg-Phe вызывает образование агрегатов, содержащих значительное количество сайтов, с которыми способен связываться ThT.
Нельзя исключить возможность дальнейшего структурирования первичных агрегатов, образующихся на начальных стадиях агрегации, при продолжении инкубации в заданных условиях.
2.2. Подавление лиганд-индуцируемой агрегации -лактальбумина -кристаллином и аргинином Молекулярные шапероны способны связываться с развернутыми или неправильно свернутыми молекулами белка. Связывание шаперонов с гидрофобными участками развернутых белков приводит к торможению процесса их агрегации. Одним из наиболее изученных шапероноподобных белков является -кристаллин. Представлялось целесообразным исследование влияние -кристаллина на процесс лиганд-индуцируемой агрегации -лактальбумина.
Было продемонстрировано концентрационно-зависимое снижение интенсивности светорассеяния во времени агрегатов -лактальбумина, образованных в присутствии Arg-Phe, при увеличении концентрации -кристаллина от 0,1 до 1 мг/мл. Действие -кристаллина проявляется в снижении интенсивности светорассеяния во времени и увеличении лаг периода (Рис. 12, кривые 2 и 3). Самая высокая концентрация -кристаллина (1 мг/мл) обеспечивает практически полное подавление агрегации -лактальбумина (кривая 4).
Рис. 12. Зависимости интенсивности свето рассеяния при 350 нм от времени частиц, образуемых при агрегации -лактальбумина (1 мг/мл) при 37 оС, индуцированной под влиянием Arg-Phe (1 мМ), в отсутствие (1) или в присутствии -кристаллина в концентрациях 0, (2) 0,5 (3) и 1 (4) мг/мл.
Известно, что аминокислота аргинин также предотвращает агрегацию развернутых белков и образование тел включения. Его широко используют в качестве добавки при рефолдинге и хранении рекомбинантных белков [Buchner and Rudolph, 1991;
Brinkmann et al., 1992;
Makrides, 1996;
Tsumoto et al., 2003;
Arakawa et al., 2003;
]. Нами продемонстрировано ингибирующее действие аргинина на агрегацию -лактальбумина (1 мг/мл) в присутствии Arg-Phe (1 мМ) (Рис. 13).
Рис. 13. Зависимости интенсивности светорас сеяния при 350 нм от времени частиц, образующихся при агрегации -лактальбумина (1 мг/мл), индуцированной в присутствии Arg-Phe (1 мМ), при 37 оС в отсутствие (1) или в присутствии аргинина в концентрациях 0, (2) или 1 (3) М.
Аргинин в концентрации 0,5 М вызывает снижение интенсивности светорассеяния (кривая 2), а при концентрации 1 М практически полностью подавляет процесс агрегации белка (кривая 3).
На основании полученных результатов можно сделать вывод, что молекулярные механизмы действия шапероноподобных агентов, подавляющих лиганд-индуцированную агрегацию белков, аналогичны тем, которые лежат в основе торможения шаперонами агрегации, генерируемой при других дестабилизирующих условиях, таких как повышенная температура или влияние ДТТ [Horwitz, 1992;
Haslbeck et al., 2005;
Bumagina et al., 2010].
2.3. Исследование агрегатов с использованием трансмиссионной электронной и атомно-силовой микроскопии Нам удалось получить электронные микрофотографии структур -лактальбумина, образующихся в результате агрегации этого белка как в отсутствие, так и в присутствии Arg-Phe.
Рис. 14. Электронные микро фотографии (негативы) агре гатов -лактальбумина через мин после начала инкубации в отсутствие (А) или через 30 (Б) и 55 мин (В) – в присутствии АСМ-изображения Arg-Phe.
агрегатов индивидуального -лактальбумина (Г) и частиц, сформи-ровавшихся в при сутствии Arg-Phe (Д).
Анализ электронных микрофотографий пока зал, что по истечении мин с момента начала агрегации -лактальбу мина образуются ком пактные структуры глобу лярной формы с радиусом от 10 до 50 нм (Рис. 14А).
При агрегации -лакталь бумина в присутствии наблюдаются Arg-Phe структуры агрегатов, отли чающиеся по размерам и форме от частиц индивидуального белка.
Через 30 мин после начала инкубации выявлено образование агрегатов размером около 100 нм (рис. 14Б).
При детальном увеличении видно, что эти структуры собраны в некоторых местах в рыхлые сгустки (Рис. 14Б, вставка). При дальнейшей инкубации образцов наблюдается распад данных кластеров на разветвленные цепи длиной 50 – 200 нм (Рис. 14В). Их строение очень интересно: они представляют собой комплексы наноструктур, состоящие из более мелких гранул диаметром 2 – 5 нм, окруженных аморфными агрегатами (Рис. 14В, вставка).
На основании полученных результатов можно сделать вывод, что при агрегации белка, индуцированной в присутствии короткого амфифильного пептида, быстро достигается состояние, при котором образуются нитевидные разветвленные структуры, в значительной мере отличающиеся по размеру и форме от агрегатов индивидуального белка. Нельзя исключить, что при дальнейшей инкубации подобные агрегаты способны ассоциировать с образованием более сложных надмолекулярных структур.
С помощью АСМ получены «рельефные» изображения белковых агрегатов. Показано, что агрегаты -лактальбумина, формируемые в отсутствие пептида, представляют собой сферические структуры диаметром до 50 нм (Рис. 14Г), а в присутствии пептида образуются ассоциаты структур (2 – 5 нм), выстраивающиеся в цепочки, напоминающие по своему строению бусы длиной около 250 нм (Рис. 14Д).
3. Агрегация лизоцима, индуцируемая амфифильными отрицательно заряженными пептидами Asp-Phe и Glu-Val-Phe В данной серии экспериментов нами были выбраны лизоцим белка куриного яйца в качестве модельного белкового субстрата и отрицательно заряженный дипептид Asp-Phe. Лизоцим куриного яйца представляет собой небольшой щелочной белок (14,5 кДа, pI = 9 – 11). -Лактальбумин и лизоцим обладают сходной пространственной структурой. Трёхмерная конформация полипептидной цепи лизоцима, подобно -лактальбумину, поддерживается 4 мя дисульфидными связями.
Влияние Asp-Phe на кинетику агрегации лизоцима было изучено методом ДЛС в 50 мM Nа-фосфатном буфере, pH 7.0, содержащем 0,15 M NaCl, при 37 °C. Процесс агрегации инициировался добавлением ДТТ в конечной концентрации 20 мМ. Показано, что при добавлении дипептида в инкубационную смесь, содержащую лизоцим (0,1 мг/мл), происходит более быстрая по сравнению с контролем концентрационно-зависимая агрегация белка, о чем свидетельствуют уменьшение лаг-периода и увеличение интенсивности светорассеяния (Рис. 15).
Рис. Зависимости интенсивности 15.
светорассеяния (I) от времени, полученные при агрегации лизоцима (0,1 мг/мл) при 37 оС в отсутствие (1) или в присутствии Asp-Phe в концентрациях 0,01 (2) или 0,05 (3) мМ.
Данный эффект аналогичен действию пептида на Arg-Phe -лактальбумин, однако, он менее выражен, вероятно, в связи с более интенсивным процессом агрегации индивидуального белка.
Исследование агрегатов лизоцима с использованием 3.1.
трансмиссионной электронной микроскопии Были получены электронные микрофотографии агрегатов лизоцима и структур, образующихся в результате его ассоциации с дипептидом Asp-Phe.
Рис. 16. Электронные микрофо тографии агрегатов лизоцима, обра зующихся в отсутствие (А, Б) или присутствии (В, Г) Asp-Phe через (А, В) или 40 (Б, Г) минут после начала инкубации.
Анализ микрофотографий показал, что при агрегации индивидуального лизоцима через 15 мин после начала инкубации образуются неболь шие компактные агрегаты округлой формы размером около 7 нм (Рис. 16А). При дальнейшей инкубации количество частиц становится меньше, но они укрупняются, средний размер агрегатов достигает 20 нм (Рис. 16Б).
В присутствии Asp-Phe наблюдаются агрегаты, строение которых в значительной мере отличается от частиц лизоцима, сформировавшихся в отсутствие пептида. При инкубации лизоцима в присутствии Asp-Phe через мин после начала процесса обнаружены малые агрегаты (около 10 нм) в окружении более мелких аморфных агрегатов. При этом проявляется тенденция к их ассоциации (рис. 16В). При дальнейшей инкубации образцов наблюдается ассоциация гранул диаметром 2 – 5 нм с образованием разветвленных цепей, длиной до 300 нм (Рис. 16Г). Подобные ассоциаты напоминают структуры, образующиеся при агрегации -лактальбумина в присутствии Arg-Phe.
4. Предполагаемый механизм лиганд-индуцированной агрегации белков На основании полученных данных нами был предложен механизм агрегации белков, индуцируемой амфифильными пептидами (Рис. 17). На примере взаимодействия -лактальбумина с пептидом Arg-Phe показано, что на начальном этапе инкубации происходит электростатическое взаимодействие между положительно заряженной иминовой группой аргинина дипептида с отрицательно заряженными, экспонированными наружу остатками глютаминовой и аспарагиновой кислот молекулы -лактальбумина (Рис. 17, I) с образованием комплексов пептид – белок (Рис. 17, II). В результате такого взаимодействия суммарный заряд молекулы белка уменьшается, а за счет остатков фенилаланина пептида увеличивается общая гидрофобная поверхность комплекса.
Рис. 17. Схематическое представление процесса агрегации -лактальбумина, индуцируемой под влиянием положительно заряженного амфифильного пептида Arg-Phe. 1 – денатурированная молекула -лактальбумина, 2 – молекула Arg-Phe.
Поскольку гидрофобные сайты «стремятся» избежать контакта с полярным буфером, происходит последующее слипание образующихся комплексов в результате гидрофобных взаимодействий с образованием небольших устойчивых глобулярных агрегатов, размером 2 – 5 нм (Рис. 17, III), которые в дальнейшем образуют упорядоченные разветвленные надмолекулярные ассоциаты размером до 200 нм (Рис. 17, IV).
Дипептид Arg-Phe имеет изогнутую структуру и, возможно, после ассоциации с белком он действует как некий переходник, способствующий образованию небольших комплексов пептид – белок (на основе гидрофобных взаимодействий). Благодаря такому строению формирующиеся небольшие глобулярные агрегаты очень устойчивы и могут служить «структурным звеном» при дальнейшем укрупнении первичных агрегатов в еще более крупные разветвленные ассоциаты.
Таким образом, при взаимодействии Arg-Phe с -лактальбумином индуцируется процесс агрегации белка с образованием структур, форма и размер которых значительно отличаются от аморфных частиц, формирующихся при агрегации индивидуального белка. Предложенная модель применима и к другим субстратным белкам, агрегирующим в присутствии противоположно заряженных амфифильных пептидов.
5. Исследование действия амфифильных пептидов с увеличенной гидрофобной частью на кинетику агрегации белков При использовании трипептида Glu-Val-Phe (вместо Asp-Phe) при исследовании кинетики агрегации лизоцима феномен лиганд-индуцируемой агрегации не воспроизводился. Напротив, методом ДЛС было показано, что добавление Glu-Val-Phe в инкубационную смесь вызывает концентрационно зависимое торможение агрегации белка (Рис. 18).
Рис. Зависимость интенсивности 18.
светорассеяния (I) от времени, полученная при агрегации лизоцима (0,2 мг/мл) при 37 оС в отсутствие (1) или присутствии трипептида Glu-Val-Phe в концентрациях 0,1 (2) или 2 (3) мМ.
Глютаминовая кислота, входящая в состав пептида, обладает менее выраженными кислыми свойствами (при 25 °С рКа -СООН составляет 4,25) по сравнению с аспарагиновой кислотой. Более того, молекула трипептида Glu Val-Phe содержит 2 гидрофобных аминокислотных остатка – фенилаланин и валин, благодаря которым гидрофобная часть пептида оказывается увеличенной. Можно предположить, что данный пептид связывается с молекулой белка преимущественно на основе гидрофобных взаимодействий.
При этом гидрофильный остаток глютаминовой кислоты оказывается ориентированным наружу, вызывая взаимное отталкивание при формировании комплексов пептид – белок, что приводит к торможению процесса агрегации.
Для дальнейшего исследования молекулярных механизмов лиганд индуцируемой агрегации белков целесообразно было изучить возможность включения в этот процесс амфифильных пептидов, первичная структура которых содержит еще большее количество гидрофобных аминокислотных остатков. С этой целью нами были выбраны биологически активные опиоидные пептиды: геморфин-6 (Tyr-Pro-Trp-Thr-Gln-Arg) и рубисколин-5 (Tyr Pro-Leu-Asp-Leu), а также пептид экзорфин С (Tyr-Pro-Ile-Ser-Leu), не содержащий заряженных аминокислотных остатков.
Несмотря на то, что геморфин-6 содержит остаток аргинина (подобно дипептиду Arg-Phe), его добавление в инкубационную смесь не приводило к ускорению процесса агрегации АДГ. Напротив, наблюдалось выраженное концентрационно-зависимое торможение агрегации этого белка (Рис. 19).
Рис. Зависимости интенсивности 19.
светорассеяния (I) от времени, полученные при агрегации АДГ (0,3 мг/мл) в отсутствие или присутствии геморфина-6 в (1) концентрациях 1 (2), 5 (3) или 10 (4) мкМ при 42 оС.
Мы предполагаем, что ингибирующее действие пептида связано с его строением. Пептид содержит большой гидрофобный N-концевой фрагмент, который имеет нелинейную пространственную структуру. Ароматические кольца тирозина и триптофана параллельны друг другу и находятся по одну сторону полипептидной цепи. Этим участком пептид может связываться с белковой молекулой, ингибируя процесс агрегации. С-концевой остаток аргинина пептида может также принимать участие в связывании с белком. Ингибирующий эффект выбранных опиоидных пептидов был продемонстрирован и при агрегации других белковых субстратов (данные не показаны) [Artemova et al., 2010].
Исследованные в данной работе гидрофобные пептиды не оказывали воздействия на агрегацию белковых субстратов. Однако при изучении влияния на агрегацию АДГ незаряженного пептида экзорфина С был продемонстрирован ингибирующий эффект, но при значительно большей концентрации пептида (Рис. 20).
Рис. 20. Зависимости интенсивности светорассеяния (I) (А) и величины гидродинамического радиуса (Rh) (Б) от времени, полученные при агрегации АДГ (0, мг/мл) в отсутствие (1) или в присутствии экзорфина С в концентрации 100 мкМ (2) при 42 оС.
Таким образом, структурные особенности пептидов, главным образом, наличие заряженных и/или гидрофобных участков могут определять характер их влияния на процессы агрегации различных белков. Следовательно, регулируя аминокислотный состав пептидов, можно влиять на процессы самоассоциации и агрегации белковых субстратов. Короткие амфифильные пептиды могут быть использованы для направленного структурирования белковых агрегатов с заданными свойствами. Это становится особенно актуальным при конструировании белковых «депо» для хранения и последующего высвобождения лекарственных препаратов или продуктов питания при разработке средств их направленного транспорта. Возможное использование надмолекулярных структур белкового или пептидного происхождения представляет также большой интерес при решении других медицинских и нанотехнологических задач.
ВЫВОДЫ 1. При изучении кинетики агрегации нативной дрожжевой алкогольдегидрогеназы, а также -лактальбумина коровьего молока и лизоцима куриного яйца, денатурированных дитиотреитолом, с использованием методов динамического лазерного светорассеяния, турбидиметрии и флуориметрии обнаружен феномен агрегации белков, индуцируемой амфифильными лигандами.
2. С помощью трансмиссионной электронной и атомно-силовой микроскопии показано, что в присутствии амфифильных пептидов, Arg-Phe или Asp-Phe, индуцируется образование надмолекулярных структур -лактальбумина или лизоцима соответственно, состоящих из глобулярных ассоциатов, способных выстраиваться в нитевидные цепочки крупного размера (100 – 200 нм), в отличие от аморфных частиц (20 – 50 нм), образуемых при агрегации данных белков, индуцированной дитиотреитолом в отсутствие пептидов.
3. Показано торможение лиганд-индуцируемой агрегации белков в присутствии шапероноподобного белка -кристаллина, а также аргинина.
4. При исследовании кинетики дитиотреитол-индуцированной агрегации модельных белковых субстратов обнаружено, что в присутствии амфифильных лигандов процесс агрегации происходит с большей скоростью.
При этом значительно сокращается продолжительность лаг-периода.
5. Продемонстрировано подавление агрегации белков в присутствии амфифильных пептидов, первичная структура которых содержит большее количество гидрофобных аминокислотных остатков, в числе которых опиоидные пептиды: геморфин-6 (Tyr-Pro-Trp-Thr-Gln-Arg) и рубисколин-5 (Tyr Pro-Leu-Asp-Leu).
СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ Статьи в рецензируемых журналах:
1. Artemova N.V., Kasakov A.S., Bumagina Z.M., Lyutova E.M., Gurvits B.Ya. (2008) Protein aggregates as depots for the release of biologically active compounds. Biochemical and Biophysical Research Communications. V. 377.
No 2. P. 595-599.
2. Artemova N.V., Bumagina, Z.M., Kasakov, A.S., Shubin, V.V., Gurvits, B.Ya. (2010) Opioid peptides derived from food proteins suppress aggregation and promote reactivation of partly unfolded stressed proteins. Peptides. V. 31. P. 332 338.
3. Artemova N.V., Bumagina, Z.M., Stein-Margolina V.A, Gurvits B.Ya.
(2011) Acceleration of protein aggregation by amphiphilic peptides: Transformation of supramolecular structure of the aggregates. Biotechnology Progress. V. 27. No 2. P. 359-368.
Материалы конференций:
Артемова Н.В., Бумагина З.М., Казаков А.С., Гурвиц Б.Я. (2008) 1.
Влияние коротких амфифильных пептидов на процессы агрегации и инактивации денатурированных белков. Материалы пятого съезда общества биотехнологов России им. Ю.А. Овчинникова. Москва, 2 – 4 декабря. С. 18-19.
Артемова Н.В., Бумагина З.М., Гурвиц Б.Я. (2009). Кинетические 2.
характеристики защитного действия амфифильных пептидов при термоагрегации модельных белковых субстратов. IV Российский симпозиум «Белки и пептиды». Казань, 23 – 27 июня. Тезисы докладов, С. 183.
3. Artemova N.V., Kasakov A.S., Bumagina Z.M., Gurvits B.Y. (2009) Opioid peptides suppress aggregation and promote reactivation of denatured proteins. Meeting of the International Society for Neurochemistry. J. Neurochem.
110 (Suppl. 2). Busan, S. Korea, August 23 – 28. P. 242, FR05-01.
Артемова Н.В., Бумагина З.М., Гурвиц Б.Я. (2009). Молекулярные 4.
механизмы защитных эффектов опиоидных пептидов из пищевого сырья при стресс-индуцированной агрегации и инактивации модельных белковых субстратов. Международная научная конференция по биоорганической химии, биотехнологии и бионанотехнологии, посвященная 75-летию со дня рождения академика Ю.А. Овчинникова. Москва-Пущино, C. 123.
Штейн-Марголина В.А., Артемова Н.В., Гурвиц Б.Я. (2010).
5.
Молекулярные механизмы трансформации стресс-индуцированных агрегатов модельных белков. XXIII Российская конференция по электронной микроскопии. 31 мая – 4 июня, Черноголовка, С. 440.
Артемова Н.В., Штейн-Марголина В.А., Гурвиц Б.Я. (2010).
6.
Кинетические характеристики действия амфифильного пептида (Arg-Phe) на агрегацию модельных белковых субстратов;
трансформация структуры агрегатов. Зимняя молодежная научная школа XXII «Перспективные направления физико-химической биологии и биотехнологии». 8 – 11 февраля, Москва, ИБХ РАН, С. 8 (устный доклад).
7. Artemova N., Stein-Margolina V., Bumagina Z., Gurvits B. (2010).
Transformation of supramolecular structure of protein aggregates induced by an amphiphilic peptide. The EMBO meeting “Advancing the life sciences”, Barcelona, 4 – 7 September, P. 57, A 157.
Список сокращений.
АДГ – алкогольдегидрогеназа АСМ – атомно-силовая микроскопия ДЛС – динамическое лазерное светорассеяние ДТТ – дитиотреитол ЭГТА – этиленгликольтетраацетат ThT – тиофлавин Т bis-ANS – 4,4'-дианилин-1,1'-динафталин-5,5'-дисульфоновая кислота